セグ＝エルは故郷からはるか彼方にいる。一方、クリプトンでは、彼の祖父のヴァル＝エルが、ゾッド将軍の支配に対する反乱を指揮していた。

アダム･ストレンジとセグは、賞金稼ぎのロボの追跡からうまく逃れる。一方、ゾッド将軍は自らの野望を推し進めるため、ニサ＝ヴェックスを利用する。

ゾッド将軍に対抗する反乱軍が勢力を拡大していく。そんな中、セグはブレイニアックと一対一で対峙する。

セグとアダムは、すっかり変わり果てた街カンドールに戻ってくる。一方、ヴァルたち反乱軍は、大規模な攻撃の準備を進めていた。

セグはゾッド将軍に停戦するように要求する。同時に、ライタがセグを裏切った真相を尋ねる。一方、ライタは無条件降伏をジャックスとヴァルに迫るが、交渉中にジャックスに捕らえられ人質となる。また、サジタリ軍に捕らえられていたアダムとケムは、コデックスを運ぶために宇宙エレベーターに向かっていたニサによって救出される。

ライタの悲劇をきっかけに、ヴァルはジャックスと対立し、自分で反乱軍のメンバーを集める。悲しみに沈むセグだったが、ジェイナとデヴと共に、ライタが愛していたクリプトンを救うと決心する。一方ニサは、ゾッド将軍に息子を返してもらうためにある取引をする。セグも、ニサと息子を救うために取引に協力し、クリプトンの衛星であるウェグソーの未来と、ニサたちを守ることを誓う。

ドゥームズデイはかつて、ダックスとして妻のイナージと暮らしていた。彼はアルゴ・シティとカンドールの戦争中に、ウェドナ＝エルとゾッド将軍のもとで過酷な人体実験を受け、今の姿に改造されていた。一方ウェグソーでは、ケムがアダムの力を借りながらサジタリ軍の動きを探る。また、ゾッド将軍が強力な武器の管理を徹底させる中、ニサはブレイニアックからセグの命を救うために奮闘する。

ニサとセグは、ゾッド将軍がウェグソーを破壊しようとしているという情報をつかむ。仲間を救うため、ゾッド将軍の艦隊へ潜入する２人に、デヴとジェイナも合流する。一方、艦隊ではゾッド将軍がブラック･マーシーという植物を使ってある人物を捕らえていた。そして、艦隊に潜入した４人は衝撃的な事実を目撃する。

セグはヴァルたちの反乱軍に再び合流する。ゾッド将軍は反乱軍に対して最後の攻撃を仕掛ける。

セカンド･シーズン最終話。セグたちはクリプトンの未来を守るために、ゾッド将軍との直接対決に挑む。