レジェンドたちはエイリアンを倒し、地球を救う。しかしウェーブ･ライダーを破壊され、1925年のテキサス州オデッサで足止めを食ってしまう。この窮地を脱すべくアストラが特殊能力の使用を試みるが、町の人々や捜査局の新局長J･エドガー･フーヴァーの目に留まり、予想外の展開に。逃げるべきだと感じたサラとエヴァは、次々と犯罪を重ねて追っ手フーヴァーの捜査をかく乱させる。一方、コンスタンティンのことが忘れられないザリに、ベヘラドはある助言をする。

ニューヨークへの行き方を模索する中、フーヴァーが持っていたDC行きの列車の切符をベヘラドが発見する。サラとエヴァはある計画を思いつく。ゲイリーの力を借りて、ネイトがフーヴァーになりすますのだ。しかしそれが予想以上に困難なことをネイトはすぐに思い知る。インターネットが使えない“デジタル･デトックス”状態の中、ザリはウェーブ･ライダーを爆破した犯人を突き止めることに執念を燃やす。一方、テキサスに残ったアストラとスプーナーは、アストラの呪文の後始末に苦心する。

過去と現在のレジェンドたちが激突する。アストラ、スプーナー、人間になったギデオンは、レジェンドたちの救出に向かう。ギデオンは人間として行動を選択するという重荷に耐えかねて、こん睡状態に陥る。アストラとスプーナーは能力を使って、ギデオンの脳の中に入る。そして、ウイルスが全ての記憶を消去しようとしているのを知る。２人は手遅れになる前にウイルスを倒す作戦を考える。一方レジェンドたちは、新たな強敵に立ち向かおうとしていた。

レジェンドたちはシカゴに着き、オープンなもぐり酒場で束の間の夜を楽しむ。しかしレジェンドたちと関わったことがギャングを怒らせ、クラブは閉店に追い込まれる。ザリはレジェンドの力を借りてパーティーを開き、クラブを復活させようとする。一夜限りのブレット･ブロンドのショーで荒稼ぎして、再建費用に充てるというのだ。レジェンドたちを捜すアストラとスプーナーとギデオンも、偶然シカゴに来ていた。彼らはギャングの愛人であるミュージシャンと知り合い、彼女を救おうとする。一方、ネイトは自分の恋愛遍歴で気づいていない部分について、ゲイリーから鋭い指摘を受ける。

ニューヨークに着いたサラ、エヴァ、ベヘラド、ゲイリーはグウェン･デイヴィス博士を捜し出す。しかし彼は想像とは違う科学者だった。アストラ、スプーナー、ギデオンは、レジェンドたちがタイムマシンを使うのを止めようとニューヨークへ向かうが、道中で何度も足止めを食らう。一方、次元の狭間ではネイトとザリがフーバーのロボットの解析を進めながら、自分たちの関係も何とかして進展させようとする。

レジェンドたちとグウィン･デイヴィス博士は、ついにタイムトラベルに出発する。だがタイムマシンが故障して、時代も場所も分からない緑豊かな森の中に不時着する。ネイトはサラとエヴァがストレスで爆発寸前なのに気づき、キャンプの準備をしようとメンバーに仕事を割り振り、衝突を回避する。一方、レジェンドたちが気づかないうちに歴史に大きな影響を及ぼしかねない数々の異変を、何者かがもみ消そうとしていた。

レジェンドたちは1940年代のシアトルに不時着し、珍客と共に第二次世界大戦の真っただ中に放り出される。壊れたタイムマシンを直すのに必要な部品を調達するために、サラ､エヴァ、アストラ、スプーナー、ギデオンは航空機製造工場に潜入する。工場員“ロージー”たちと共にそれぞれの持ち場で働くことに。工場内労働における差別に不満を募らせるアストラは、自力で改革に挑む。一方ベヘラドは、珍客のホストとして、ネイトにペルシャ文化の作法を教え込む。

チームの間違った選択によって、時間軸を狂わせてしまっていることにサラは気づき始める。誰がその黒幕なのかを探るうちに、彼女は非情な真相を知ることになる。

ギデオンの操縦でジャンプし、次元の狭間に戻ってしまったレジェンドたち。そこは逃げ場のない地獄だった。アストラは、90年代のリアリティー番組の撮影クルーが家に押しかけていることに気付く。クルーはレジェンドたちに気付かれないように彼らの感情を煽り立て、サラとエヴァは共同キャプテンとしての本音をぶつけ合う。ベヘラドは想いを寄せるアストラのことでネイトとザリから助言をもらうが、自分の過去をさらけ出してしまう。ギデオンは意見を無視され、ゲイリーとの関係を解消する。最後は誰も予期しなかった事態に発展する。

凶悪なＡＩとロボットに追われる長旅に、サラは限界を感じる。そこで、時間軸に歪みを生じさせ、その隙にウェーブ･ライダーを取り戻そうと不動点に向かう。レジェンドたちは不動点であるバーに行くと、そこはタイムトラベラーたちが集まる “聖地”だったことを知る。サラは作戦に勝算はあるのか不安になる。ベヘラドとアストラが付き合うようになり、あぶれたザリとスプーナーは一緒に過ごすことになる。エヴァはグウィンから親友を救う計画を聞くと、もしそれが成功したら大きな代償を払うことになると忠告する。

思わぬ助っ人の登場で、不動点を変えることに成功したレジェンドたち。時間の歪みを発生させ悪のウェーブ･ライダーをおびき寄せたのだ。しかし自分たちを狙うロボットと対面して衝撃を受ける。サラは話し合いでの解決を提案するが、決裂してしまう。万策尽きたと思われたが、ついにグウィンが立ち上がり、軍人としての経験を生かし潜入計画を立てる。一方ゲイリーは、アストラがギデオンを任務から外す理由を本人に気づかせる。

傷ついたギデオンを救う方法は、１つしかなかった。悪のＡＩのギデオンは再起動すると、再びレジェンドを滅ぼそうとする。だがギデオンはＡＩに、守るべきプロトコルがあることを思い出させる。そして、レジェンドを救おうと交渉するが、それは重大なルールを破ることになる取引だった。一方、レジェンドはすべての問題を解決できるかもしれない別の作戦を思いつく。

シーズン７の最終回。ギデオンの裏切りを知ったレジェンドたちは、傷つき失望する。ギデオン自身もＡＩのギデオンから、ゲイリーが消えた真相を聞かされショックを受ける。大好きな任務が恋しくてたまらないレジェンドたちは、グウィンが約束を破りアランを捜しに旅立ったことに気づく。一方、サラはエヴァがどんな反応をするか不安で、彼女に大きな隠し事をする。