リゾーリとアイルズは裕福な夫婦の陰惨な殺人現場を調査する。調査を進めるうちに、殺人方法が“外科医”と呼ばれた連続殺人犯の手口とまったく同じであることが判明し、二人は恐怖を覚える。かつて彼に殺されそうになった経験のあるリゾーリは“外科医”に会うため刑務所に行く。そして、誰かが彼の手口を引き継いでいることを知り衝撃を受ける。

伝説の殺人鬼、ボストン絞殺魔の模倣犯と思われる恐ろしい事件が発生する。捜査チームに緊張が高まり、ボストン絞殺魔本人の仕業かという噂まで流れ始める。そんな中、リゾーリは新しい上司のグラント警部補と衝突する。彼は偶然にもリゾーリの幼なじみで、二人は共通の思い出を持っていた。一方、アイルズにはどんな人でも診断してしまう癖があり、デート相手は、次々に病名を言い当てるアイルズに閉口する。

リゾーリとアイルズは、カーボヴェルデからやって来た少年の謎めいた死について調査する。リゾーリは、悪魔祓いの最中に少年が死んだらしいということを突き止め、死者からのメッセージを探ろうとする。死者は、実際に起きたことを教えてくれると思ったからだ。一方、リゾーリの家では、母アンジェラが彼女のためにある男性とのサプライズ･デートを計画していた。

名門大学の女子学生ダニエルが白昼公然と射殺される。リゾーリたちが調査を進めるうち、彼女が優秀な学生で奨学金を取得していたことが分かるが、同時に不可解な物的証拠もいくつか発見される。そして、ダニエルがいくつもの秘密を持っていることをリゾーリが突き止めた頃、第２の殺人事件が起きようとしていた。一方、リゾーリの母アンジェラは、車のことで夫とケンカして、リゾーリの車に乗せてもらおうとする。

メイフラワー号でアメリカに上陸した清教徒の子孫といわれるボストンの名門一族の長男が、ヨットの事故で死亡する。アイルズには、その家族と深い関わりがあり、日ごろから富裕層に対して不満を抱いているリゾーリとぎくしゃくする。そして、二人のわだかまりは、殺人事件に切り替えた調査の進行を妨げてしまう。一方、リゾーリの母アンジェラは、ポリネシアの健康ドリンクを売るという商売を始める。

リゾーリとアイルズはレズビアン･バーで起きた殺人事件を調査する。女性の体には残虐な暴力の跡があり、二人は事件を憎悪犯罪と見なしていたが、捜査を進めるうちにそれが単純な事件ではないことが判明する。そして、リゾーリは犯人をおびき寄せるために、レズビアンの客としてバーに潜入する。そんな中、アイルズはハンサムなヨガインストラクターとリゾーリをカップルにしようと躍起になる。

リゾーリは、アイルズに誘われてボストンマラソンに参加する。だが、レース中にランナーが殺害されるという事件が起き、二人はすぐに現場に駆けつける。道路に倒れている被害者は至近距離から射殺されたらしく、他のランナーは彼が死んでいることに気づかない。集団パニックを避けるため、リゾーリたちは、ランナーの中にいる犯人をすぐに突き止め、秘密裏に捕えなければならなかった。

公園で死体が発見される。だが、その残忍な殺害方法は、かつてリゾーリを殺そうとし、今は刑務所にいるはずの連続殺人鬼“外科医”ことチャールズ･ホイトの手口だった。アイルズは、ホイトの内面にある心理に深く切り込んでいこうとする。そしてリゾーリは、言いようのない恐怖を何とか抑えようと苦心する。そんな中、以前ボストンにやって来たFBI捜査官のガブリエル･ディーンが現れる。

ある男が自分の車の中で殺害される。彼には身分を証明する物が何もない。だが、リゾーリが捜査を進めていくと、彼には前科があることが明らかになる。一方、アイルズは、遺体を調べるうちに驚くべき事実を発見し衝撃を受ける。そんな中、リゾーリの弟フランキーは、水もれで困っているバーの店主を配管工の父に紹介する。新しい仕事を受注した父は、当然のようにフランキーに手伝わせる。

麻薬密輸団に潜入捜査していた刑事が殺される。だがそれは、恐ろしい事件の始まりにすぎなかった。犯人たちは、何らかの理由でボストン市警の殺人課の刑事を次々と狙い、何かを探している。そして、リゾーリとアイルズは、胸を撃たれたフランキーとともに署内に閉じ込められてしまう。仲間の刑事に裏切られたのを知ったとき、リゾーリは自らの体を張って弟を守ろうとする。向けられた銃を恐れることもなく。

3ヶ月前の事件で人質となり、包囲攻撃の最中に銃弾を受けたジェーン･リゾーリは、ヒーローとして地元のイベントに呼ばれる。だがお祝い気分もつかの間で、恐ろしい事件が起きてしまう。そんな中、リゾーリは、高校時代の恋人で現在軍の曹長であるケイシー･ジョーンズに再会する。今、リゾーリの心の傷を癒せるとしたら、彼だけなのかもしれない。

リゾーリとアイルズは、久しぶりに屋外のスパで解放感にあふれ、ゆったりとした時間を楽しんでいる。だがその時、妊娠中の女性が殺害され、二人は即座に現実に引き戻される。また、女性は代理母だったということが判明し、リゾーリとアイルズは、彼女のおなかの中にいた子供の実の両親を捜し出すところから始めなければならなかった。

フリート･ウィークで大勢の海兵隊員たちが上陸しボストンの街が賑わってから間もないある日、一人の少女が遺体で発見され、リゾーリたちは調査に駆けつける。その頃、海軍の将官であるフロストの父もボストン入りし、フロスト親子の間には緊張感が高まる。一方、アイルズは以前仲よくなったアンジェラの修理工と今も付き合い続けている。

警察官の娘が、弟の目の前で誘拐される。リゾーリと殺人課チームは、彼女をなるべく早く捜し出すために全力を挙げる。だが、ほんの１時間前にある少女が遺体で発見されており、その事件と娘の誘拐事件との間に関連があるのではないかと疑うリゾーリたちは、時間との戦いを余儀なくされる。

野球チーム“ボストン･ピルグリムズ”のコーチがロッカールームで死亡しているのが発見され、リゾーリとアイルズは、調査のために駆けつける。だが、折しもピルグリムズのオーナーとスター選手は、チームの体制に関して闘争中だった。一方、リゾーリのもう一人の兄弟トミーが、服役を終え釈放されて家に帰ってくる。

一人の兵士が遺体で発見され、アメリカ独立戦争の再現イベントが本当の殺人現場になってしまう。リゾーリたちは調査のため現場に駆けつけるが、アメリカの歴史に詳しいアイルズの知識が事件の解決に役立つ。そんな中、美しく才気あふれるアイルズの母コンスタンス･アイルズ（ゲスト出演：ジャクリーン･ビセット）が、アートの展覧会のためボストンを訪れる。

セーラムという町で、現代の“魔女狩り”ともいえる、恐ろしい事件が発生する。調査のため、リゾーリと殺人課チームはセーラムへ向かう。一方、フランキーの昔のガールフレンドが驚くべき事実とともに町へ戻ってくる。そして、リゾーリは、この状況に対してはっきりとした自分の意見を表明する。

強盗に失敗したと思われる男が路上で殺される。そして、リゾーリとアイルズは彼の家族関係を詳細に調べ始める。一方、過去にアイルズと恋愛関係があったというミステリアスな人物が、二人の前に突然現れる。だがその頃から、リゾーリはアイルズが何か隠し事をしているのではないかと疑い始め、二人の間がぎくしゃくしてくる。

若い港湾労働者の女性が遺体で発見される。殺人課チームは、彼女が働いていた埠頭とマフィアの関連性を突き止める。だが、それは同時にアイルズの実の父とのつながりを示唆していた。一方、リゾーリは感受性トレーニングを受けることになるが、それを避けようとする。そんな中、アイルズはリゾーリのもう一人の兄弟トミーとますます親密になり、リゾーリを悩ませる。

服役中の男が、刑務所から釈放される前日に何者かに殺される。刑務所に駆けつけたリゾーリとアイルズは、そこで連続殺人鬼のチャールズ･ホイトに再会し恐怖におののく。ホイトが、自分はその事件の手がかりをつかんでいると宣言したからだ。一方、何か月もの準備期間を経て、フランキーはついに刑事の試験を受ける。

地域コミュニティーの活動家が凶弾に倒れ、勇気ある目撃者が証言台に立つ。そして、過去に15人を殺したといわれる有名なギャングの名を挙げる。やる気満々で美人の地方検事補ヴァレリー･ハドソンとともに、刑事たちは早くギャングを収監しようと懸命になる。そんな中、ニュース番組の司会者ビル･オライリー（本人）が本のサイン会と警察への批判を放送するため街を訪れる。

強盗に入られた銀行の支店長が殺害され、ボストン市警の殺人課はFBIと協力して事件を解決するため全力を挙げる。だが、杓子定規なＦＢＩ捜査官のアンナ･ファレルが、フロスト刑事と複雑な関係を持っているらしいことが明らかになる。そして、リゾーリのもう一人の兄弟トミーは、アイルズとの関係が親密になるにつれ多くの困難に直面する。

リゾーリは、高校の同窓会に参加するためアイルズの車で母校にやってくる。だが、フットボールの競技場でクラスメートの遺体が発見され、楽しい気分はすぐ台なしになる。リゾーリは、クラスの全員が容疑者であり得ることに気づき、過去に焦点を合わせて調査を開始する。一方、コーサックの前妻メロディが彼のもとを訪れ、彼女が始めた新しいビジネスへの投資について打診する。

ダンス競技会で、スター選手の母親が刺し殺されるという事件が起き、華やかな会場は一瞬にして騒然とした殺人現場となる。リゾーリと殺人課の刑事たちは手がかりを探るが、殺された女性の過去には不可解な点があった。一方、義理の息子が警官を撃ったため起訴され、コーサックはその対応に追われる。そんな中、彼の前妻メロディが現れる。

倉庫で火事が起き、一人の男性が死亡する。リゾーリとアイルズは、それが放火なのか事故なのかを調査するため現場に向かう。だが、ひき逃げ事件である人物が病院に運ばれると、二人の前に思わぬ問題が立ちはだかる。一方、FBI捜査官のガブリエル･ディーンは、リゾーリとの関係を取り戻したいという思いを新たにする。

リゾーリは、工場跡地の銃撃戦でアイルズの実父ドイルを撃ってしまう。アイルズはリゾーリを許せず憎しみすら感じ始め、二人の友情には大きな亀裂が入る。また、リゾーリは内部調査の対象にされ、ディーン捜査官との関係が暴かれる。そんな中、街で警官が殺害され、リゾーリは捜査に駆けつける。ジャクリーン・ビセットがアイルズの母親役で再登場。

銃撃事件以来リゾーリとアイルズがギクシャクしているせいで、間に挟まれた同僚たちはいまだに居心地の悪い思いをしている。そんな時、地質学を学ぶ学生がトンネルの中で死亡するという事件が起き、二人は捜査に乗り出すため協力せざるをえなくなる。一方、リゾーリ家には父親が舞い戻る。だが家族は彼のある計画を知って驚き、激怒する。

リゾーリとアイルズは、路地裏で起きた殺人事件を捜査するため現場に駆けつけ、壁一面に描かれた絵を発見する。リゾーリたち警官にとってはただの落書きにすぎないが、アイルズにとってはストリートアートの“グラフィティ”だ。そんな中、アイルズは自分の違った一面を引き出してくれる男性に出会う。一方、リゾーリの前には懐かしい人物が現れ複雑な気分になる。

人形のようなドレスを着てメイクをされた女性の死体が、バス停で発見される。アイルズの検視で死因は鈍器での殴打と判明し、荷物から身元も分かる。だが、不倫相手だった被害者の上司が容疑者として浮かび上がる中、新たな被害者が出る。一方、アンジェラは新しいカフェの準備に取りかかる。リゾーリは、ケイシーがどのように負傷したかを知る。

最近、精神不安定で通販の衝動買いに走るアイルズ。リゾーリは、そんなアイルズが今すべきことは実母ホープに会うことだと考え、その方法を模索する。一方、下院選挙が近づき街ではキャンペーンが繰り広げられるが、アンジェラはある下院議員候補の応援に夢中になる。そんな中、リゾーリと父親の過去にまつわる人物が二人の前に現れる。

高級住宅街の売り家で人の耳の断片が発見され、リゾーリとアイルズが駆けつける。その後、二人は回収寸前のゴミ箱から片耳のない死体を発見する。遺体は裕福な投資家だということが判明し、リゾーリとアイルズは、被害者と投資会社を共同経営する人物を調査し始める。そんな中、アイルズは実母と妹の連絡先を手に入れ近々会う約束をする。

精神科医の夫婦が殺害される。リゾーリたちは、捜査を進めるうちに犯人が狙っていたのは夫の方だと確信し、患者の名簿を開示するよう令状を申請する。そんな中、ボストン市警が主催する検視官のセミナーがあり、一人の参加者がリゾーリとアイルズに協力を申し出る。一方、リゾーリ家では、アンジェラが新車に乗り込んだとたんに追突され大騒ぎになる。

バージンロードを歩き始めようとした花嫁が殺される。被害者の花嫁はクロアチアからの交換留学生。リゾーリとアイルズが捜査を進めるうち、容疑者として花婿の元恋人の名前が浮上する。そんな中、被害者には一緒にアメリカに来た妹がいること、そして彼女が行方をくらましていることが判明する。一方、リゾーリ家の近所に引っ越してきた人物に家族は興味津々になる。

フランキーの幼なじみが率いる人気兄弟バンドが、コンサートのため地元に戻ってくる。だが、リーダーのシェーンが殺され、フランキーとリゾーリは全力を挙げて犯人を逮捕することを誓い合う。そんな中、リゾーリとアイルズは、ベビー・シャワーの準備を進めているアンジェラに、リディアの妊娠についてのある真実を告白しなければならなかった。

美術館の前で彫像のように石膏で塗り固められた死体が発見される。リゾーリとアイルズは、それが連続殺人犯の仕業だと確信し戦慄を覚える。早く犯人を捕らえないと被害者が続出するからだ。そんな中、殺人課に新人が加わると聞き、フランキーに違いないと信じていたリゾーリたちは祝福の準備を進める。だが、上司が紹介した刑事は意外な人物だった。

カフェで朝食を取っていた男が毒物により死亡する。リゾーリたちは現場に駆けつけ調査を始めるが、その男のポケットから少年の写真となぜかコーサックの電話番号が出てくる。コーサックは別れた妻の一人に会い、被害者と自分との関係を探ろうとする。一方、赤ちゃんを置いて出ていったリディアが戻ってくるが、トミーには父親としての自覚が芽生え始めていた。

ベストセラー「自殺少年」を書いた若い作家が、続編を書き終えたという連絡を残して死亡する。作家のもとを訪れ遺書を発見した編集者は自殺だと思い込むが、リゾーリとアイルズの調査で他殺であることが判明する。一方、フロストは、黒人学生がからんだ過去のある事件を思い出し、そのことで頭がいっぱいになる。そんな中、リゾーリは、アンジェラに秘密の恋人がいることを発見する。

ビール工場で遺体が発見され、被害者は地ビールメーカーのＣＥＯだということが判明する。駆けつけたリゾーリは血痕をたどって凶器の一部を発見する。一方、恋に破れたアンジェラは、新しい人と付き合い始める。そんな中、リゾーリたちのもとへ子供たちが職業見学に訪れるが、一人の子供がアイルズの解剖を見学したいと言いだし、大変なことになる。

名門大学のフットボール部が、寄付金を募るための洗車イベントを開催する。だが、大勢の関係者で賑わう中、ＯＢの一人が洗車中の車内で何者かに刺され遺体で発見される。リゾーリたちは、被害者が現役だった頃の試合に焦点を当て捜査を進める。一方、フロストの母は思いがけない知らせを持ってボストンを訪れる。そんな中、リゾーリは偶然会ったケイシーから驚くべきニュースを聞く。

アイルズは、母ホープに臓器提供を打診され、リゾーリは脊髄手術を受けるケイシーのことで悩んでいる。そんな中、アマチュア劇団の稽古中に小道具の銃で俳優が死亡する。そして、死んだ俳優の本職は劇場が入っているビルのメンテナンスだったことが判明する。だが、ビルには多くの欠陥があり、愛する人たちが中に閉じ込められてしまう。リゾーリとアイルズが胸の張り裂けるような選択を迫られる、激動のシーズン・フィナーレ。