リゾーリは、工場跡地の銃撃戦でアイルズの実父ドイルを撃ってしまう。アイルズはリゾーリを許せず憎しみすら感じ始め、二人の友情には大きな亀裂が入る。また、リゾーリは内部調査の対象にされ、ディーン捜査官との関係が暴かれる。そんな中、街で警官が殺害され、リゾーリは捜査に駆けつける。ジャクリーン・ビセットがアイルズの母親役で再登場。

銃撃事件以来リゾーリとアイルズがギクシャクしているせいで、間に挟まれた同僚たちはいまだに居心地の悪い思いをしている。そんな時、地質学を学ぶ学生がトンネルの中で死亡するという事件が起き、二人は捜査に乗り出すため協力せざるをえなくなる。一方、リゾーリ家には父親が舞い戻る。だが家族は彼のある計画を知って驚き、激怒する。

リゾーリとアイルズは、路地裏で起きた殺人事件を捜査するため現場に駆けつけ、壁一面に描かれた絵を発見する。リゾーリたち警官にとってはただの落書きにすぎないが、アイルズにとってはストリートアートの“グラフィティ”だ。そんな中、アイルズは自分の違った一面を引き出してくれる男性に出会う。一方、リゾーリの前には懐かしい人物が現れ複雑な気分になる。

人形のようなドレスを着てメイクをされた女性の死体が、バス停で発見される。アイルズの検視で死因は鈍器での殴打と判明し、荷物から身元も分かる。だが、不倫相手だった被害者の上司が容疑者として浮かび上がる中、新たな被害者が出る。一方、アンジェラは新しいカフェの準備に取りかかる。リゾーリは、ケイシーがどのように負傷したかを知る。

最近、精神不安定で通販の衝動買いに走るアイルズ。リゾーリは、そんなアイルズが今すべきことは実母ホープに会うことだと考え、その方法を模索する。一方、下院選挙が近づき街ではキャンペーンが繰り広げられるが、アンジェラはある下院議員候補の応援に夢中になる。そんな中、リゾーリと父親の過去にまつわる人物が二人の前に現れる。

高級住宅街の売り家で人の耳の断片が発見され、リゾーリとアイルズが駆けつける。その後、二人は回収寸前のゴミ箱から片耳のない死体を発見する。遺体は裕福な投資家だということが判明し、リゾーリとアイルズは、被害者と投資会社を共同経営する人物を調査し始める。そんな中、アイルズは実母と妹の連絡先を手に入れ近々会う約束をする。

精神科医の夫婦が殺害される。リゾーリたちは、捜査を進めるうちに犯人が狙っていたのは夫の方だと確信し、患者の名簿を開示するよう令状を申請する。そんな中、ボストン市警が主催する検視官のセミナーがあり、一人の参加者がリゾーリとアイルズに協力を申し出る。一方、リゾーリ家では、アンジェラが新車に乗り込んだとたんに追突され大騒ぎになる。

バージンロードを歩き始めようとした花嫁が殺される。被害者の花嫁はクロアチアからの交換留学生。リゾーリとアイルズが捜査を進めるうち、容疑者として花婿の元恋人の名前が浮上する。そんな中、被害者には一緒にアメリカに来た妹がいること、そして彼女が行方をくらましていることが判明する。一方、リゾーリ家の近所に引っ越してきた人物に家族は興味津々になる。

フランキーの幼なじみが率いる人気兄弟バンドが、コンサートのため地元に戻ってくる。だが、リーダーのシェーンが殺され、フランキーとリゾーリは全力を挙げて犯人を逮捕することを誓い合う。そんな中、リゾーリとアイルズは、ベビー・シャワーの準備を進めているアンジェラに、リディアの妊娠についてのある真実を告白しなければならなかった。

美術館の前で彫像のように石膏で塗り固められた死体が発見される。リゾーリとアイルズは、それが連続殺人犯の仕業だと確信し戦慄を覚える。早く犯人を捕らえないと被害者が続出するからだ。そんな中、殺人課に新人が加わると聞き、フランキーに違いないと信じていたリゾーリたちは祝福の準備を進める。だが、上司が紹介した刑事は意外な人物だった。

カフェで朝食を取っていた男が毒物により死亡する。リゾーリたちは現場に駆けつけ調査を始めるが、その男のポケットから少年の写真となぜかコーサックの電話番号が出てくる。コーサックは別れた妻の一人に会い、被害者と自分との関係を探ろうとする。一方、赤ちゃんを置いて出ていったリディアが戻ってくるが、トミーには父親としての自覚が芽生え始めていた。

ベストセラー「自殺少年」を書いた若い作家が、続編を書き終えたという連絡を残して死亡する。作家のもとを訪れ遺書を発見した編集者は自殺だと思い込むが、リゾーリとアイルズの調査で他殺であることが判明する。一方、フロストは、黒人学生がからんだ過去のある事件を思い出し、そのことで頭がいっぱいになる。そんな中、リゾーリは、アンジェラに秘密の恋人がいることを発見する。

ビール工場で遺体が発見され、被害者は地ビールメーカーのＣＥＯだということが判明する。駆けつけたリゾーリは血痕をたどって凶器の一部を発見する。一方、恋に破れたアンジェラは、新しい人と付き合い始める。そんな中、リゾーリたちのもとへ子供たちが職業見学に訪れるが、一人の子供がアイルズの解剖を見学したいと言いだし、大変なことになる。

名門大学のフットボール部が、寄付金を募るための洗車イベントを開催する。だが、大勢の関係者で賑わう中、ＯＢの一人が洗車中の車内で何者かに刺され遺体で発見される。リゾーリたちは、被害者が現役だった頃の試合に焦点を当て捜査を進める。一方、フロストの母は思いがけない知らせを持ってボストンを訪れる。そんな中、リゾーリは偶然会ったケイシーから驚くべきニュースを聞く。

アイルズは、母ホープに臓器提供を打診され、リゾーリは脊髄手術を受けるケイシーのことで悩んでいる。そんな中、アマチュア劇団の稽古中に小道具の銃で俳優が死亡する。そして、死んだ俳優の本職は劇場が入っているビルのメンテナンスだったことが判明する。だが、ビルには多くの欠陥があり、愛する人たちが中に閉じ込められてしまう。リゾーリとアイルズが胸の張り裂けるような選択を迫られる、激動のシーズン・フィナーレ。