激動の幕末を刀１本で生き抜いた伝説の人斬り「緋村剣心」。かつては「人斬り抜刀斎（ばっとうさい）」として恐れられていた彼だったが、新時代の訪れとともに、穏やかな生活を送っていた。 ある日、内務卿大久保利通から呼び出される。剣心の後継者として「影の人斬り役」を引き継いだ男、「志々雄真実（ししおまこと）」が京都で暗躍しているというのだ。剣の腕も頭の回転の早さも剣心とほぼ互角。しかし刀を置いた剣心に対し、志々雄は野心を捨てることはなかった。知りすぎた情報を利用される事を恐れた政府は、志々雄の身体に火をつけた。しかし、志々雄は一命を取り留め、全身包帯の姿で戻り、明治政府へ復讐を仕掛けてきたのだった。志々雄は、平和を妬み嫌う戦好きや武器商人などを集め、一大兵力を形成。政府の送り込んだ討伐隊はことごとく壊滅していた。「頼みの綱はもうお前しかいない。お前が動かなければこの国は滅びる」と、最後の望みを託された剣心。 やっと手に入れた平穏な日々だったが、逃れられない運命を背負い、斬れない刀〈逆刃刀（さかばとう）〉を手に、仲間と別れ一人で京都へと向かう。 剣心“最期の戦い”が遂に始まる―。