サンフランシスコ警察の刑事レベッカ･マドセンは、ある殺人事件の捜査を命じられ、悲惨な現場にやって来る。そして、事件は彼女を驚くべき事実へと導いていく─。現場で検出した指紋が、アルカトラズ刑務所の元囚人、30年以上前に死亡したはずのジャック･シルヴェインのものと一致し、彼を捕らえようとする組織が秘密裏に捜査を開始していたのだ。元囚人に殺害された無惨な犠牲者の姿を目の当たりにしたレベッカは、アルカトラズに詳しい歴史学者、ドクとともにその組織にのめり込んでいく。
脚本：スティーヴン･リリアン／ブライアン･ウィンブラント／エリザベス･サーノフ
監督：ダニー･キャノン
オリジナル放映日（U.S.）: 2012/1/16
食料品店で万引きをして逮捕される。店が郵便切手を扱っていたため郵便局強盗とみなされ、連邦刑務所に移送。そこで他の囚人に襲われそうになり殺害してしまったことから殺人犯に。アルカトラズではティラー副所長の嫌がらせで妻と面会できずに離婚に至り、現代に現れたジャックは存命だったティラーに復讐を果たす。
カウンティフェアの会場で狙撃事件が起き、若いカップルと１人の男が殺される。現場に落ちていたカラスの死骸から、1963年にアルカトラズから消えたコブというスナイパーの名が浮上する。レベッカは、コブが滞在するホテルを突き止め、彼を捕らえる。だが、コブの狙撃被害者の中には必ずティーンエイジャーの少女がいることに気づいたレベッカは、彼の暗い過去と正面から向き合うことになる。
脚本：エリザベス･サーノフ／スティーヴン･リリアン／ブライアン･ウィンブラント
監督：ジャック･ベンダー
オリジナル放映日（U.S.）: 2012/1/16
孤児院で生まれ育つ。20歳の時生みの親を見つけるが冷たくあしらわれ、垣間見た幸せそうな妹に嫉妬、同年代の少女ばかりを狙った狙撃事件を起こしてアルカトラズに収監される。独居房を希望するがジェームズ所長に妨害され続けた。現代に現れたコブはスーパーの前で無差別殺戮を犯し、さらにレベッカの追跡を予知し、同行していたルーシーを狙撃する。
ある少年が誘拐される。そして、その事件の全容を聞いたドクは戦慄を覚える。誘拐した少年のベッドに菊の花を置いていくという手口が、元アルカトラズの囚人、キット･ネルソンにそっくりだったからだ。「ネルソンなら２日後に少年を遺体で家に返すはず」。そう推理したドクは、レベッカとともにタイムリミット48時間の救出作戦を直ちに開始するのだった。
脚本：ジェニファー･ジョンソン
監督：ジャック･ベンダー
オリジナル放映日（U.S.）: 2012/1/23
両親の留守中に11歳の弟を絞殺し、しょう紅熱で死んだと嘘をつく。成人後、弟の殺害を追体験するため児童誘拐・殺害を繰り返す。その手口は、ベッドに菊の花を残して金曜日に子供を誘拐、弟が好きだったことを体験させた後で絞殺し、日曜日に遺体を自宅に返すというもの。現代に現れたネルソンは、同様に菊の花を残して児童を誘拐。ネルソンの手口だと気付いたドクの助言で発見、射殺される。
銀行の貸金庫が強奪にあい、支店長が家畜用の空気銃で殺害されるという事件が起きる。ドクは、それがアルカトラズの元囚人、キャル･スウィニーの仕業であると推定し、早速レベッカと捜査を開始する。だが、レベッカが次のターゲットとなる銀行を突き止めドクたちと駆けつけた時、強盗に失敗したスウィニーは客を人質にして銀行内に立てこもっていた。
脚本：ロバート･ハル
監督：ブラッド･アンダーソン
オリジナル放映日（U.S.）: 2012/1/30
当時貴重品が預けられていた、銀行の貸金庫のみを襲う強盗として暗躍。アルカトラズでは洗濯係として刑務所内でビジネスを開始、一枚噛みたいティラー副所長の嫌がらせを受ける。現代に現れたスウィニーは、女性銀行員をたぶらかして貸金庫を襲撃する。金品ではなく、持ち主に個人的な思い入れを語らせることを目的とし、それを果たした後に殺害する。
アルカトラズの官舎跡でレンジャーが襲われる。犯人は、アルカトラズの元看守、ガイ･ヘイスティングス。ガイは、元看守だったレベッカの育ての親、レイの教官でもあった。レベッカとドクは、レイとガイの関係を調べていたが、その過程で重大な事実が浮き彫りになる。そして、レベッカたちが２人の居場所を突き止めた時、そこではガイがレイに1963年の事件当日のことを語っていた。
脚本：スティーヴン･リリアン／ブライアン･ウィンブラント
監督：チャールズ･ビーソン
オリジナル放映日（U.S.）: 2012/2/6
アルカトラズ刑務所の看守。新人だったレイ・アーチャーの担当教官を務めた。現代に現れたヘイスティングスは、レンジャーを襲い、レイを誘拐。トミー・マドセンに会わせろと脅し、トミーとレイが育った家に潜伏しているところをレベッカとハウザーによって逮捕される。連行中に、死んだと聞かされていた娘の生存を知り、騙されていたことを悟る。
アルカトラズの時代から、パクストン･ペティという爆弾魔がこの世によみがえる。地雷を仕掛けることで頭がいっぱいのパクストンは、サンフランシスコの人口が密集する地域で次から次へと爆弾を仕掛けてゆく。パクストンを捕らえようとするレベッカ、ドク、ハウザーの３人は、昔ながらのある方法で彼の爆弾テロ行為を阻止しようとするが…。
脚色：スティーヴン･リリアン／ブライアン･ウィンブラント／ロバート･ハル
ストーリー：ジェニファー･ジョンソン
監督：ポール･エドワーズ
オリジナル放映日（U.S.）: 2012/2/13
朝鮮戦争での活躍が評価されず、子供の遊び場に地雷を仕掛けた廉で軍法会議で有罪となる。勲章も恩給も奪われた恨みから、5年の刑期を務めて出所後、地雷による無差別爆弾事件を起こしてアルカトラズ行きに。現代に現れたペティは公園に地雷を仕掛け、大量の死傷者を出す。次のターゲットを推理したレベッカとハウザーに捕らえられるが、レベッカの旧友で爆弾処理班所属のタナーが命を落とす。
レベッカとハウザーは、元アルカトラズの囚人で化学者としての経歴を持つ殺人鬼、ジョニー･マッキーを追う。ジョニーは、かつて恐ろしい化学毒物で、罪のない多くの市民を殺害していた。ジョニーが毒をまき散らす前に彼を捕らえる――。レベッカたちは、またしても時間との闘いを強いられる。そんな中、レベッカは、祖父について明かされた新事実と向き合うことになる。
脚本：トニー･グラフィア
監督：ブラッド･ターナー
オリジナル放映日（U.S.）: 2012/2/20
高校時代にいじめを受けていたマッキーは、化学の知識を利用した毒殺を繰り返し、同窓会でクラスメート42人を殺害してアルカトラズ送りに。現代に現れたマッキーはクラブのバーテンとして働いていたが、飲み物に毒を混ぜて客を毒殺、続いて高級スポーツクラブのプールに毒物を流す。レベッカは隣の房にいたジャック・シルヴェインから話を聞き、次の犯行場所を地下鉄と推理する。
アルカトラズ刑務所で最も暴力的だった兄弟、ハーマンとピンキー･エイムズが現在のアルカトラズ島に戻ってくる。エイムズ兄弟は1963年に脱獄しようと試みたことでも有名だ。レベッカ、ドク、ハウザーの３人に追われる兄弟。彼らは、現代に姿を現して以来ずっと、自分たちの身の回りに不思議な"不具合"が生じていることを感じていた。
脚本：ロバート･ハル
監督：ニック･コパス
オリジナル放映日（U.S.）: 2012/3/5
銀行強盗犯のエイムズ兄弟は、アルカトラズで所長から鍵を盗んで複製し、脱獄を目論むが、鍵が合わずに未遂に終わる。脱獄を未然に防いだのは、若き看守レイ・アーチャーだった。現代に現れたエイムズ兄弟と、兄弟に協力していた看守のドノヴァンは、かつて脱獄しようとしたのと同じトンネルに向かうところをドクに目撃され、誘拐・監禁する。
サニー･バーネットというアルカトラズ刑務所の元囚人が現代によみがえる。とてつもなく暗い側面を抱えていたバーネット。彼は、刑務所に収容されている間に暴力的な性質がさらに過激になったという経緯をもつ。人々を恐怖で支配するため現代社会に戻ってきたかのようなバーネットに、レベッカ、ドク、ハウザーが果敢に立ち向かう。
脚本：トニー･グラフィア／ロバート･ハル
監督：ポール･エドワーズ
オリジナル放映日（U.S.）: 2012/3/5
金持ちばかりを誘拐し、身代金を受け取ると無傷で返していた誘拐犯。当時14歳だった少女へレンを誘拐し、犯罪の片棒を担がせていた。現代に現れたバーネットはヘレン・キャンベル化粧品のそうぎょうしゃとなったヘレンの夫デヴィッドを誘拐し、同僚を殺害する。身代金要求の電話で指定された場所からはデヴィッドの生首が発見され、レベッカは強い恨みによる犯行と推理する。
昔、クレランス･モンゴメリーという料理の腕が立つ黒人がいた。彼はアルカトラズ刑務所に入れられている囚人の中でたった一人無実の身だったが、現代に姿を現した彼は罪を犯してしまう。一体、彼に何が起こったのか？ レベッカ、ドク、ハウザーが捜査を進めるうち、1960年頃に行われていたある実験のことが明らかになり、３人は恐怖におののく。
脚本：リー･ダナ･ジャクソン
監督：ジャック･ベンダー
オリジナル放映日（U.S.）: 2012/3/12
高級カントリークラブ初の黒人料理長。クラブ・オーナーの娘エレンと恋仲になるが、彼女が殺害されアルカトラズ行きに。実はモンゴメリーは無実だったが、アルカトラズで行われた実験によりマインド・コントロールされ、受刑者を殺害し、殺人者となってしまう。現代に現れたモンゴメリーは、ゴルフコースで白人女性を殺害する。その手口は彼が罪を着せられたエレン殺害事件とそっくりだった。
1963年の知られざる連続殺人鬼、ウェブ･ポーターが現代に現れ次々と女性を殺害する。ポーターが起こす事件の特徴は、殺害現場に必ず音楽が流れていることだ。その音楽は時にはポーター自身が奏でるバイオリンだった。そして、レベッカ、ドク、ハウザーの３人が調査を進めるうち、ポーターが幼少期に悲惨な経験をしたことが明らかになる。そこで音楽が流れていたことも…。
脚本：スティーヴン･リリアン／ブライアン･ウィンブラント
監督：ジャック･ベンダー
オリジナル放映日（U.S.）: 2012/3/19
幼い頃母親に溺死させられそうになったトラウマから、母を含む4人の女性を溺死させた。殺されかけた時の後遺症で耳鳴りに悩まされ、監房で毎晩絶叫していたポーターを診察したセングプタ医師は音楽療法を試み、ポーターは名バイオリニストに。現代に現れたポーターは音楽専攻の女生徒らを溺死させ、彼女達の髪の毛でバイオリンの弓を作っていた。
ドクとレベッカは、アルカトラズの秘密を握る男に近づいていく。多くの犯罪者が数十年の時を経て現代に姿を現しているのはなぜか─。その真実の一端が明らかになろうとしている。一方、ハウザーはアルカトラズ刑務所の地下で驚くべきものを発見する。そして、レベッカはパートナーを殺害した犯人逮捕のために全力疾走する。
脚本：リー･ダナ･ジャクソン／コールマン･ハーバート
監督：イーグル･エギルッソン
オリジナル放映日（U.S.）: 2012/3/26
元英国特殊部隊の戦術士官。鮮やかな手口で現金輸送車を10回にわたって襲撃した。現代に現れたスティルマンは警備会社から現金輸送車を強奪する。その警備会社の大口顧客の創設者は元アルカトラズ受刑者のシモンズだった。レベッカらはスティルマンの目的は現金ではないとにらむ。彼が奪った現金箱の中には、アルカトラズの地下を開ける3本目の鍵があった。
ドクたちが暴こうとしている秘密、ハウザーが発見したアルカトラズ刑務所地下のドア、レベッカが全力で捕らえようとしている殺人犯…。一見接点が見いだせない様々な出来事が、１人の男の出現でつながろうとしている。遂に、レベッカと祖父トミーが対峙する時がきた！
脚本：ジェニファー･ジョンソン／ダニエル･パイン
監督：アーロン･リップスタッド
オリジナル放映日（U.S.）: 2012/3/26
弟はレイ・アーチャー。妻アガサを残して朝鮮戦争に出兵し、帰国後、息子ヴァンが誕生。1957年、妻アガサを殺害したトミーは幼い息子を残してアルカトラズに送られる。刑務所では、ジェームズ所長の実験台となるかわりに1つだけ望みをかなえると言われ、看守として潜伏していたレイをアルカトラズから追い返し、ヴァンの養育権を譲り渡す。現代に現れたトミーは孫娘にあたるレベッカの同僚を殺害し、逃走していた。