バットウーマンは引き続きゴッサム･シティを守るべく戦っていた。バットウィングも加わるが、彼はスーツの調子がよくないことに気づく。一方、アリスはなすすべもなくアーカムに収容され、ソフィーは自由を謳歌していた。ライアンは実母が生きているという衝撃的な発言について確かめるためにアリスを訪ね、自分の過去を探るべきか決断を迫られる。メアリーは医大の卒業を間近に控え、今まで以上に家族の不在を感じていた。アリスの信奉者が偶然、バットマンの戦利品を見つけたことにより、ゴッサムとバットチームは猟奇的な事件に巻き込まれ、卒業式は恐怖に覆われてしまう。そして、予想外な新しい協力関係が生まれる。

ゴッサムの沼地に潜んでいたキラークロックの生まれ変わりが水面に浮上すると、死者が出始め、バットウーマンとアリスのチームは真価を問われる。ライアンの生活に割り込んでくるのはアリスだけではなかった。ジェイダ･ジェットがウェイン社を訪れ、新たなCEOとの面談を求める。ルークとメアリーの関係は、ルークの抱える秘密のために緊張感を増す。ソフィーは、自分がライアンの仲間の一員になりつつあることに気づく。

ゴッサムの中心街で、ある不幸な事件が起こり、バットウーマンとバットチームは別の行方不明の戦利品が悪党の手に渡ったことを知る。一方、マーキス･ジェットがライアンとジェイダのとても個人的な瞬間に突如割って入り、ジェット家の新たなメンバーが明らかになる。街で起きた事件の鍵となるのは低温学だった。ソフィーは、生死にかかわる状況の中で彼女がただ者ではないことを皆に思い出させる。バットウィングは、再びスーツを着るかどうかの決断を迫られる。メアリーの診療所では、ヒポクラテスの誓いがアリスと新米医師の間に緊迫した瞬間をもたらす。

ライアンがゴッサムの“30歳未満の30人”に選ばれた時、ルークはウェイン社のCEO代理であるライアンの高まる人気にマーキスが関与していることをジェイダがどう思うか心配になる。深夜の外出から戻ったメアリーはどこか調子が悪く、アリスの幻覚は悪化する。一方、ソフィーの妹のジョーダンが行方不明になり、ソフィーとバットチームはすぐにフリーズの消えた武器が全て回収できていないことに気づく。

ライアンは、疎遠になっていた母がウェイン社について何を知っているのかを探るため、ソフィーにジェイダとのディナーへの同行を頼む。しかし私的な集まりに招かれていない客が現れると、状況が変わる。恐ろしい夜が更け、ライアンはマーキスと母の新たな一面を見る。

公園の小屋で異様なものが発見され、レニー･モントーヤは街を警戒するようライアンに迫る。レニーの恐ろしい仮説によると、バットマンが押収した戦利品が新たな持ち主によって、ゴッサムじゅうにばらまかれているという。一方、アリスは妙に熱心にバットチームに協力し、ソフィーは妹を巻き込んだ事件のことで復讐をしようとする。

ライアンは、家族関係がより複雑になり、バットチームにおいてもルークとメアリーの板挟みになる。一方アリスは、彼女に忠実な新しい相棒を見つける。

メアリーとアリスは、姉妹の絆をさらに深める。その２人を必死に止めようとするライアン、ルーク、ソフィーは、ゴッサムからパメラ･アイズリーを排除するというレニー･モントーヤの危険な提案を受け入れる。チームは、ポイズン･メアリーの力の源であり彼女の死にもつながりかねないものを追い、レニーは悲痛な過去を振り返ることになる。一方マーキスはさらに不安定になり、大がかりで不気味なパーティーをウェイン･タワーで開き、皆を集める。

パメラ･アイズリーがゴッサムに再び現れたことを示す形跡があり、ライアン、ソフィー、ルークは、先輩格のポイズン･アイビーを捜す。そんな中、メアリーは強い力に引き寄せられる感覚に襲われ、アリスは急に義理の妹を守りたいと強く感じる。一方ジェイダは、マーキスの回復を諦めず、旧友に協力を求める。

バットウーマンは、ジェイダの要求、増大したメアリーのパワー、そして新たな恋の混乱に、手いっぱいになりながらも奮闘する。街と親しい人々を守るために目まぐるしく動く中で、バットウーマンは誠意を試され、戦う意味を問い直す。

再びバットウーマンの正体が暴かれそうになり最悪な状況になると、さらに悪いことにゴッサムの悪党たちが結束してしまう。一方、ソフィーはルークと共に任務にあたり、アリスはメアリーの頭の中を知る。

ライアン、ソフィー、ジェイダが集まりマーキスを止める計画を立てる。そんな中、メアリーはポイズン・アイビーとして危害を及ぼしたことの償いをしようとする。一方アリスは手に負えない状況に陥り、内なる悪魔と闘い続ける。

シーズン３、最終話。マーキスの恐ろしい計画がゴッサムに予想外の事態を引き起こす。バットウーマンと動揺したバットチームは一刻を争う状況への対応を強いられる。ライアン、メアリー、ルーク、ソフィーはジェイダと協力し、街を救うために持てる知識や技術を集結させる。マーキスの衝撃的で屈折した過去が明らかになる中、兄妹の溝は深まり、ライアンの命と新しい恋の行方が危うくなる。精神が限界に達したアリスに同情したメアリーは、ジョーカーのブザーを姉に渡すようにチームに訴えかけるが、果たしてアリスを救うことはできるのだろうか？