空港から誰かに電話をかけるルーカス。彼は電話の相手とラスベガスで結婚しようとしている。一方、地元の放送局を辞めてきたマウスは、新しい仕事が見つかりオマハに行くと言う。はたしてミリセントは、マウスについていくのだろうか。そんな中、事故に遭ったダンが、不思議な病院で目を覚ます。だが、ダンの目の前に現れた“ナース”は、思いもよらない人物だった。
ブルックのブティックが、ある日何者かに襲撃される。ブティックがめちゃめちゃになった上、顔をひどく殴られたブルックは、これからの人生に絶望し、立ち直れないほどの衝撃を受ける。スコット家では、ジェイミーがスキルスとデブがキスしているところを目撃してしまう。一方キャリーは、あり得ない配合のオートミールをダンに食べさせようとする。
死よ、おごるなかれ。輝かしい未来が目前に広がる若き青年の命が絶たれ、トゥリー・ヒルは深い悲しみに包まれる。その悲しみの中にいるのは、ルーカス、ネイサン、スキルスをはじめとするレイヴンズのメンバーだけではなかった。ネイサンとヘイリーは、彼の死をジェイミーにどう説明すればよいかと途方に暮れる。
意気消沈したレイヴンズのメンバーは、ルーカスのリーダーシップの下、強豪チームとの試合に臨む。そんな中、自分の母とスキルスの関係を知ったネイサンは激怒し、デブを追い出してしまう。一方、ブルックは、母ヴィクトリアと正面から立ち向かうことを決意し、1人でニューヨークに向かう。その頃、ペイトンは伝説のロッカー、ミック・ウルフに再会していた。
ナニーを解雇された今でもジェイミーを忘れられないキャリーが恐ろしい計画を実行に移そうとしていた。ヘイリーは、ジェイミーとダンを守るため、キャリーに立ち向かう。一方ネイサンは、バスケットボールDリーグのGMから電話をもらい、希望に胸を膨らませてチームを訪れる。ルーカスは新作の宣伝会議のためニューヨークに行き、リンジーと再会する。
自宅に招待したミックが姿を現さず、がっかりしたペイトン。だが、ペイトンは、心のどこかでミックが自分の父親かもしれないと思っている。ヘイリーは転校してきたばかりのサマンサがオートショップの車の中で寝ているのを発見し、彼女を助けたいと思う。そんな中、本の宣伝のために国内を回っているルーカスは、サイン会で大成功を収める。
ルーカスと一緒に暮らし始めたペイトンは、雑誌で読んだ同棲についての記事にとらわれてしまう。ルーカスは記事の内容にいちいち反応するペイトンにうんざりする。またブルックは、母親として15歳の“ブルック・ジュニア”と暮らしていこうとするが、なかなかうまくいかない。そんな中ネイサンは、いじめっ子をどうやっつけるかについて、ジェイミーにアドバイスする。
ネイサンは、バスケットボールではなくスラムボールの試合に出場する。ヘイリーたちは、背中に痛みを感じながらプレーするネイサンを心配する。一方ルーカスのもとに、本の映画化のオファーが舞い込む。プロデューサーのジュリアンは、積極的にルーカスを説得しようとするが、私的な内容が多すぎる小説だけに、ルーカスは映画化すべきかどうか思い悩む。
昔のものすべてが新たに蘇る。ネイサンは元ライバルと争い、オーウェンは、またブルックに言い寄り、マウスの元ガールフレンドも彼に接近しようとする。自分の小説を映画化することに同意したルーカスは脚本の執筆に取り組むが、ジュリアンにキースの殺害について詳しく書くように勧められる。そんな中、ペイトンとジュリアンの過去が明らかになる。
ペイトンとデレクが海兵隊で慰問ライブをすることになった。ヘイリーもミアたちと一緒に出演することになるが、久しぶりのステージに不安でいっぱいになる。またミリセントは、マウスが元ガールフレンドと一晩中編集作業をしていたことを知り動揺を隠せない。ルーカスも、ペイトンとジュリアンが以前付き合っていたことを初めて知り、冷静さを失う。
昔の映画を見ていたルーカスは、いつの間にか夢の中に入っていく。1940年代のトゥリー・ヒルで、ルーカスはカフェのオーナー、ダンは町を仕切るボスでありクラブのオーナー。そしてペイトンの後見人でもある。ダンは、ある日ペイトンを連れてルーカスのカフェにやって来るが…。電話の音でルーカスが目を覚ますと、現実の世界ではペイトンに恐ろしいことが起きていた。
ネイサンはバスケットボールの選手として復帰するためプロテストを受け、ベストを尽くす。ジェイミーは、学校のタレント・ショーでみんなの心をつかむパフォーマンスを披露する。サムはブルックを襲った人物をついに発見する。ルーカスはジュリアンに強く勧められて映画監督に会うが、監督はルーカスの小説のストーリーをどんどん変えようとする。
生みの親と同じ病気かと思い、落ち込んでいたペイトンは、それが妊娠だったことを知り、ルーカスと大喜びする。ネイサンはついに選手としてバスケットボールに復帰する。一方ブルックは、家を飛び出したサムを必死に捜し、サムが人質に取られている場所を突き止める。だが、サムを監禁している犯人が、実はQを殺した男だということにブルックはまだ気づいていなかった。
これから親になるペイトンとルーカスは幸せに輝いていて、ネイサンもついにバスケットコートに戻り意気揚々としている。ブルックはサムと2人で“家族”を作ろうと、第一歩を踏み出す。曲作りが進まないミアも、ある人物からデートを申し込まれ動揺する。小さな幸せがトゥリー・ヒルに降り注ぐ中、マウスとミリセントだけがいまだに光を見出せずにいた。
ネイサンの所属するチームは、1人の選手の勝手なプレーで連敗してしまう。だが、チームプレーの大切さを説くネイサンの話に誰も耳を傾けようとしない。ブルックとジュリアンは映画の打ち合わせをきっかけに急接近。ルーカスはペイトンに、とても美しい指輪を贈るが、キースの指輪をもらえるものだとばかり思っていたペイトンは心から喜べないでいる。
映画のためのオーディションが始まる。ブルック役に選ばれた女優は、演じるにあたって本人のことをよく知っておきたいからと、ブルックにつきまとう。ブルックは、そんな女優を見ながら10代の頃の自分を思い出す。ペイトンはベビーベッドの組み立てに1人で奮闘し、ジェイミーは男の子と女の子についてダンからアドバイスを受ける。
後悔先に立たず。2組の“元カップル”が、自分たちの関係に決着をつけようとする。マウスとミリセント、そしてダンとデブ。一方ジュリアンは、ブルックの男性遍歴を調べるうち、彼女が本当に愛したのはルーカスだと思い始める。そして、生まれてくる子どものために準備を進めていたペイトンとルーカスは、ペイトンの体について衝撃的な事実を知らされる。
トゥリー・ヒルに試練の時が訪れる。映画の準備を進めるルーカスたちに、映画会社のトップでもあるジュリアンの父親から電話が入る。ペイトンが面倒を見ているミアの作曲はまったく進まず、サムは万引きで逮捕されてしまい、ブルックとジュリアンはケンカをしている…。そして、心臓の移植手術を受けるため病院で待機しているダンの目の前でとんでもない事が起きる。
マウスとスキルスは“ミリーとデブから立ち直る”ため、男同士で癒やしの旅に出る。高校の生徒たちは、サムの作文をめぐって停職になっていたヘイリーの復帰を強く願う。そしてジュリアンはブルックに航空券を渡し、サムとLAに来てほしいと言う。そんな中ルーカスとネイサンは、キースのことを伝えるためにジェイミーを特別な場所へ連れていく。
サムの恐れるヴィクトリアがトゥリー・ヒルに戻ってくる。ヴィクトリアはブルックに、会社に戻ってほしいと言う。妊娠中のペイトンが運転中事故に遭い、ルーカスはペイトン以上に動揺する。ジェイミーは、ネイサンとヘイリーに連れられて名門小学校の見学に行くが、学校の雰囲気にも生徒たちにも馴染めない。そんな中、里親がジャックを迎えにくる。
いつの間にか仲よくなっているヴィクトリアとサム。ブルックは、2人に不快感を感じずにはいられない。ジェイミーの小学校で美人の教師に出会ったスキルスは、ジェイミーたちのダンス・パーティーに参加する。ネイサンには思いもよらないバスケットボール・チームからのオファーが来て、ヘイリーもペイトンのスタジオで音楽活動を再開する。
ブルック、ヘイリー、ミアは、母になる喜びにあふれたペイトンのためにベビーシャワーを開く。ペイトンは万一のことを考え、ルーカスとのことを描いた絵や自分に影響を与えた音楽を、生まれてくる子どもに残そうとしていた。ブルックはサムと正式に養子縁組をしようと考えていたが、サムは、しだいに生みの親への愛情を感じ始めていた。
ルーカスとペイトンの結婚式。手違いで牧師が来られなくなるが、ヘイリーが機転を利かせ、式は滞りなく行われる。ルーカスはブルックの同伴者にと、ジュリアンを招待するが、それを知らないジュリアンは映画でブルック役を演じる女優を連れてきてしまう。輝く花嫁、楽しい思い出、笑い、うれし涙、親愛なる友達… 美しい結婚式が行われる。
ペイトンに無事子どもが生まれ、トゥリー・ヒルに幸せが満ちあふれる。ブルックは、ずっと一緒にいてくれたジュリアンと仲直りし、ヴィクトリアとのビジネスも再開する。ネイサンは、ジェイミーとヘイリーに、信じられないようなビッグニュースを打ち明ける。そんな中、ダンはコーチのホワイティを訪ね、過去のすべてに許しを請う。親子、兄妹、夫婦、恋人たちが大きな愛に包まれ強く結ばれるシーズン・フィナーレ。