いまやアリア、エミリー、ハンナ、スペンサーの4人は町中の噂になっていた。イアンの遺体は忽然と消え、ローズウッドの住人はゆうべの教会で本当は何があったのかと首をひねる。4人の親は（警察と同様に）何を信じていいのか分からず、娘たちをカウンセラーのもとへやることにした。カウンセラーに話す内容が外に漏れることはないと頭では分かっていても、“かわいいウソつき”たちは“A”のことを話す気持ちになれるのか。そして、それぞれの恋も暗礁に乗り上げる。スペンサーはトビーに会うことを禁じられ、アリアはエズラとの関係にひとまずピリオドを打つ。そんな矢先、ケイレブがローズウッドに戻り、ハンナの前に現れる。
しばらくの間、別々に行動せざるを得なくなった4人だが、今ほどお互いが必要なときはない。エミリーは一家でテキサスに引っ越すことになり悶々とするが、大学のスカウトからスポーツ特待生の話があり、ローズウッドにとどまる口実ができる。そのころハンナの父親がローズウッドに戻ってくる。スペンサーはトビーの密かな計画に手を貸し、トビーを家族とローズウッドから解放しようと考える。一方、ローズウッド高校を去ることになったエズラは最後の授業を終えたあと、会って話がしたいとアリアに迫るが、アリアには何も話すことはなかった。アリアはこのままエズラに別れを告げるつもりなのか。
親が決めた“冷却期間”が明けるまで、4人には何か気晴らしが必要だ。アリアはホリス大学で陶芸のクラスを受講することにした。しかし、ジェンナも同じクラスを受講していることが分かる。エミリーはローズウッドにとどまりたい一心で水泳に打ち込むが、その後ダンビー大学から連絡がない。ハンナは卒業アルバムの制作に参加しようと考え、ルーカスに相談する。スペンサーは隣のディローレンティス家に不信感を抱く。現在、ディローレンティス家にはジェイソンが戻ってきていた。スペンサーの姉のメリッサはこそこそとメールをやり取りしているが、それも隣家の動きとなんらかの関係があるのだろうか。
ハンナの計らいで、ルーカスは憧れの女の子とデートすることになった。ハンナはルーカスの力になろうとするが、ケイレブの介入によってハンナの善意は裏目に出てしまい、ルーカスのデートは悲惨なことに…。エミリーの母親はニセの入学許可書を真に受けて、娘が特待生に選ばれたと自慢して歩く。困ったエミリーは本当のことを白状しようとするが、サマラが救いの手を差し伸べてくれたおかげで、最悪の状況を逃れる。スペンサーは姉のメリッサとイアンが密かに連絡を取り合っていると確信し、事実関係を確認するために唯一の情報源と見込んだレンに接触。一方、アリアはジェイソンに偶然再会し、ある記憶がよみがえる。
イアンに関するショッキングな一報がローズウッドをかけめぐる。4人とその家族はようやく訪れた事件の結末に複雑な思いを抱く。しかしエミリーだけは事件はまだ終わっていないと確信し、見落としている点がないかどうか、事件を最初から洗い直そうとする。アリアはエズラを頼りにするが、秘密にしてきた仲をいきなり公にすることにはためらいがあった。ローズウッドは大きな安堵感に包まれるが、もしエミリーの推理が正しいとしたら、息絶えた悪魔は偽物で、本物は今も野放しのまま4人を狙っていることになる。そのころケイレブの前にいかがわしい里親が現れ、ハンナはケイレブの意外な一面を知る。
ローズウッド・チャリティ・ファッションショーが開催される日、4人の前にアリソンの母親ジェシカ・ディローレンティスが現れ、娘に代わってファッションショーに出演してほしいと訴える。アリアはこの機会を利用して、アリソンが失踪した日のジェイソンの記憶を掘り起こそうと考え、ハンナは父親の来場に胸を躍らせる。ところがスペンサーがほかのことに気を取られているすきに、モナがショーを仕切ってしまう。きれいなドレスを着て舞台を歩くことはたやすいかもしれないが、4人にたやすいことなど何ひとつない。一方、エミリーはサマラが二股をかけていることを察し、サマラとのオープンな関係を見直す。
今日は引っ越しの日。新しい我が家に移るエミリーは、環境になじむことができず疎外感を覚える。心穏やかでないのはハンナも同じだが、その理由はケイレブにあった。ケイレブは相変わらずいかがわしい"ビジネス"に関わっているが、悪びれる様子はまるでない。スペンサーはトビーが突き止めた事実と、それに対する父親の反応にショックを受ける。ただでさえ精神的にまいっている今の4人は"A"にとって格好のターゲットなのか。一方、アリアはエズラとジェイソンの板ばさみにあう。ふたりはモンゴメリー家のホームパーティに揃って招待され、アリアをめぐって敵対意識をむき出しにする。
ウソを重ねてきたエミリーにツケが回ってくる。父親の突然の訪問と競泳会前のプレッシャー、このふたつがストレスになってエミリーは体調を崩し、病院に搬送される。父親に入学許可書の件を話すことを考えると気が滅入ったが、それ以上に気がかりなのは"A"に選手生命を握られていることだ。アリアとスペンサーはエミリーを見舞うかたわら、アリソンの死因と凶器のホッケー・スティックについて探りを入れる。一方、ハンナはふたりの男性を失うリスクに直面する。再婚を決めた父親トムは結婚式の招待状を送ってよこし、ケイレブは過去の亡霊につかまる前にローズウッドを離れようとしていた。
ジェイソンがローズウッドに戻ってくる。多くの謎につつまれた彼を信用せず、帰郷の動機に疑いを抱く者もいれば、違和感を覚える者もいる。4人も例外ではない。スペンサーはエミリーとともにジェイソンが家に隠しているものは何なのか調べようと行動を起こすが、それが判った時、彼女たちは…。一方アリアは、別の理由からジェイソンのことで思い悩んでいた。アリアはジェイソンの存在を否定することができるのだろうか？その間ハンナは、家族とのことで難しい決断を迫られているケイレブを助けようとするが、果たしてそれはハンナと父親との関係を見直す手助けになるのだろうか？
アリアは、スペンサーとエミリーが調べたジェイソンについての報告を聞き、難しい立場に立たされる。公園で起きた出来事とスペンサーへの否定できない気持ちに折り合いをつけようとしながら、アリアに対して思いやりと弱さをみせるジェイソンのことを、どうして友達は危険な人物だと言うのか、アリアは思い悩む。そんなアリアのジェイソンに対する煮え切らない態度に、スペンサーは思い切ったやり方が必要だと考える。一方ハンナは、将来義理の姉妹となるケイトにいいところを見せようとして親切に振舞うが、その行動が反対に悪い結果を引き起こしてしまう。その上"A"はエミリーを激しく非難し、彼女を追い詰めようとする。
"A"の脅迫に振り回されたエミリーは限界に達していた。彼女を救うために、唯一信頼できて自分たちの秘密を守ってくれる人物、アン・サリバンのところに向かう。そしてついに、"A"によって与えられた苦しみを自分たち以外の人間に明かすことによって、彼女たちの心は安らぎを取り戻し、エミリーもまた新しい勇気を得ることができた。しかし、秘密を漏らしたことは、本当に4人を苦しみから解放することになるのだろうか？"A"の存在を知ったアン・サリバンが、"A"の次なるターゲットになってしまうのだろうか？その間ハンナの祖母レジーナが町にやってきて、トムの結婚式前日の夕食会で問題を引き起こす。
4人は重大なミスを犯してしまう。"A"の支配を振り払うことのできない彼女たちは、その代償を払わねばならなくなる。時間が刻々と迫る中、親友を救うため "A"の命令を遂行することになる。4人に与えられた任務は、それぞれが一番望むことにつながるのだが、それを遂行するには愛する者たちや自分自身を犠牲にしなくてはならない。4人は"A"の命令に従うのか？それともそれに背き、自分たちの周りの人間を救おうとするのか？だが結局のところ、すべてを遂行したところで、ローズウッドが大きく様変わりした今となっては、何か意味があるのだろうか…？
アリソンが失踪する前のハロウィンでのこと。5人の親友たちはこの季節最大のパーティを楽しみに待っていた。アリア、エミリー、ハンナ、スペンサーの興味は、ノエルのハロウィン・パーティに招待されるかどうかだった。ところが、女王蜂のように君臨するアリソンに挑もうとする少女の出現や、両親に認められたいスペンサーがクラスの委員長に選ばれない可能性がでてきたこと、そしてアリアの父親についての衝撃的な事実の発覚など、今年のハロウィンはお気に入りの衣装を見つける以上に心配事が重なる。ローズウッドのお祭り気分をよそに、アリソンと親友たちに、何かもっと不吉なことが起こりそうな気配が漂っていた。
アリア、エミリー、ハンナ、スペンサーが逮捕されて1カ月が経ち、ローズウッドの街と4人の少女たちに大きな変化が訪れていた。彼女たちの関係にはもはや親友とは言いがたい、険悪なムードが漂っている。いったい何が彼女たちをこれほど分裂させたのか？"A"はついに分裂と支配のゲームに勝ったのか？3人に完全に無視されて孤立したエミリーは"A"に狙われてしまうのだろうか？
"A"と遭遇しそうになった4人は、自分たちが"A"の正体をつかめるほど近づいているのかもしれないと思い始める。そして4人はハッキングを得意とするケイレブに協力を依頼するが、ケイレブを危ないことに巻き込みたくないハンナは、これ以上計画のために危険な扉を開けたくないと思っていた。だが4人は"A"に協力者がいること知り、その扉を開かざるを得ない。その"協力者"が誰なのか突き止めようとする3人とは別に、ハンナはケイレブのためにスペンサーのレイクハウスでサプライズ・パーティを開こうとするのだが…。一方アリアとエズラは、真実を受け止めなければならない状況に陥っていた。
ルーカスが行方不明になり、湖で起こったことについて質問攻めにされたハンナは息をつくこともできない。ケイレブは友達を探し出そうと決心するが、ハンナはその手助けを渋り、かえって事を大きくしてしまう。ハンナは増大する"A"の問題を明かすことなく、ボートでの出来事をケイレブに話すことができるのだろうか？たとえ話せたとしても、ハンナの恐ろしい行動をすべて聞かされたあとも、ケイレブはそばにいてくれるだろうか？一方スペンサーは"A"の手掛かりを追いかけ、思いがけない新事実へと導かれていく。
4人は"A"のせいで多くの犠牲を払ってきた。特に、愛に関しては。トビーはスペンサーが何か隠していることを知りながらも、彼女を追い求めている。いつ何時、次の"アクシデント"が起こってもおかしくないことを知るスペンサーは、必死でトビーの安全を守ろうとする。さらにハンナは、ケイレブに調査を手伝わせるのはやめてほしいと、3人に懇願する。ケイレブが関われば関わるほど、彼がターゲットになる危険性が高まる。一方アリアは、今もまだ返事をくれないエズラとの関係を必死でつなぎとめようとしていた。ホールデンともう一度"デート"すれば、アリアは待ち焦がれるエズラからの返事をもらうことができるのだろうか？
ハンナはケイレブのことをアリア、エミリー、スペンサーに話したあと、3人の態度がよそよそしく何かをたくらんでいるように感じたが、それが何なのかはわからない。しかし、ハンナが感じるよそよそしさは、3人の後ろめたさが原因なのだろうか？親友が自分を避けているだけではない。意地悪な義理の姉妹ケイトが初めてローズウッド高校に登校する日が近づいている。ケイトがハンナのテリトリーに入り込もうとする今、彼女はこれまで以上に友達を必要としている。一方エミリーは、母親のローズウッドへの訪問が、マヤをもう一度紹介するいいチャンスだと考え、今度こそうまくいってくれることを願っていた。
ローズウッド高校の"真実を語る日"は、学校の生徒たちにとって、不満をぶちまけ、いじめを防止するチャンスだった。そして4人にとっては、いくつかの緊急課題に対する答えを得られるチャンスでもある。スペンサーはお目付け役として現れたジェイソンと自分の父親との間に起こっていることを知りたいと思う。アリアはホールデンとの"デートの夜"に、彼がいったい何をもくろんでいるのか、気にかかって仕方がない。ハンナはケイトの最新情報を得ようとしている。一方エミリーは、ローズウッド高校の水泳チームに戻るため、思いもよらない情報源の助けを借りることになる。
ハンナが最初から心配していたとおり、"A"の電話の解読に関わったケイレブを"A"は懲らしめることにする。ワイルデン刑事とギャレット刑事は、偽のハッキング行為をおこなったとしてケイレブを告発し彼のコンピュータを没収するが、ハンナと友人たちはこれがいい結果にならないことを確信する。警察はケイレブのコンピュータから何を探そうというのか？さらに、"A"はそのコンピュータに対する興味を警察に抱かせ、一体どうしようというのか？一方アリアは、父バイロンがホールデンとの関係に疑問を抱き始めた頃、ホールデンが隠し続けてきた秘密を知ってしまう。
"A"はずっと、アリア、エミリー、ハンナ、スペンサーをゲームのターゲットにしてきた。そのために4人は家族や友人たちから心を閉ざし、孤立するしかなかったのだ。ところが新たに"A"の犠牲者を知ったとき、それが固い絆で結ばれたグループ以外の人間だったことに4人は驚く。しかし"A"はなぜ、4人以外の人間をターゲットに選んだのか？そんな中、スペンサーは家族の問題から逃げたい一心でレンの腕の中に飛び込む。一方、エズラに巡ってきた新しいチャンスが、アリアから彼を引き離すことになるのかもしれない。
罪の意識にさいなまれる父親。自分の娘を信用できない父親。娘に秘密を隠している父親。行動に移すことができない父親。そんな父親たちにとってありがたくない時期がやってきた。それは、ローズウッドで催される毎年恒例の父と娘のダンスパーティである。何とか埋め合わせようとする父親たちと平和を保とうとする娘たちにとって、毎年恒例のダンスパーティは決して楽しいものにはならないだろう。そんな中、アシュリーは驚くべき情報源からの助けを借り、ハンナに何が起こっているのか、その答えを見つけ出そうとしていた。
アリソンが死ぬ前に知っていたことを何とか探り出したい4人の前に、生前のアリソンを知る人物が現れ、大きな手がかりを得る可能性が出てくる。ダンカンは4人が求める答えすべてにつながる鍵を握っているようだが、4人は自分たちのガードを緩めて彼を信頼することができるのか？だが4人がダンカンを唯一の手がかりだと感じ始めたころ、ジェイソンがアリソンの私物が入ったバッグをもってくる。もしかするとそのバッグには思いがけない価値があるのかもしれない。一方、ローズウッドに戻ってきたトビーとの再会が危険に満ちた結果をもたらそうとしていた。
新しい手掛かりの意味を探ろうとする4人は、人形を修理する店に導かれる。そこには見覚えのあるいくつかの人形が置かれ、口にする以上のことを知っていそうな少年がいた。いったいなぜアリソンはこんな気味の悪い奇妙な場所に来たのか？そして4人は、忘れ去られた人形の棚に隠された秘密を知ることができるのか？一方、眼の手術を受けたジェンナは、視力以上の力を得る。
ローズウッドで開かれるジュニアリーグの仮面パーティは、"A"にとって巧妙なゲームを仕掛ける完ぺきな場所である。だが逃げ足の速い少女たち4人とのゲームを、"A"はこれで終わらせるつもりなのか？セカンド・シーズンのファイナルを飾るこのエピソードで、アリア、エミリー、ハンナ、スペンサーは、ついに自分たちを苦しめてきた張本人と対面することになる。