モナが“A”だったことについて、そしてエミリーの友達マヤの死について、アリア、エミリー、ハンナ、スペンサーの4人が真相を知り、ひと夏が過ぎたところから物語が始まる。恐怖は一応静まり、殺人の容疑者は今刑務所の中にいる。ローズウッドの町はゆっくりと新旧の傷から立ち直ろうとしていた。だが彼女たちが“普通”に見えるからといって、必ずしもそうとは限らない。心に傷を受け、ストレスと怒りとさらなる秘密を抱えた少女たちは、元気とは程遠い状態だ。アリソンの失踪から2度目の記念日を迎えようとしていたローズウッドを衝撃的な出来事が揺り動かしたとき、4人は今再び一緒に集い、また自分たちが守りを固めなくてはならないことを知る。
“A”からの新しいメッセージが届き、4人は苛立つ。この新しいゲームのプレイヤーは、少女たちに関心があることを見せつける決意のようだ。“A”が今もなお攻撃を仕掛けてくるという恐ろしい事実に直面したあと、この脅迫と、より一層激しさを増す“A”のゲームにどう対処するか、急いで計画を練らねばならない。スペンサーとハンナは答えを探しながら、いつものように危険なことに手を出そうとするが、アリアの軽率な過去のひとつが“A”のゲームの餌食となる。一方、いまだに震えが止まらないエミリーは学校に集中しようとするが、“あの夜”の重大な証拠を思い出した彼女が関わらずに居続けることはできるのだろうか？
母親ヴェロニカ・ヘイスティングスが依頼人としてギャレットを引き受けた裏には、何らかの理由があるとスペンサーは確信する。スペンサーは疑いをもち始めるが、母親がなぜその事件を引き受けたのか、その理由についてはあまり多くのことがわからないまま、もっと大きなヘイスティングス家の秘密を見つけてしまう。エミリーは、英語のテストについて驚きの知らせをいくつか受け取るが、その結果がもたらすことに恐怖を覚える。一方アリアは、自分を監視するためにジェンナが同伴者としてついてくることに同意する。そしてハンナはルーカスに連絡を取ろうとする。
少女たちが抱える秘密の中で、いくつかはほかの誰かと共有できるが、それ以外の秘密は、どんな犠牲を払ってでも隠し通しておくべきである。秘密を明らかにしようと決心したとき、「真実が時に人を傷つける」ことを踏まえていなくてはならない。ハンナがケイレブに、モナへの訪問が新しい“A”についての情報をゲットするために必要だったことを告げるのは、それほど悪いことだったのだろうか？アリアは、父親バイロンがまたメレディスとデートしていることを母親のエラに恐る恐る告げるが、それがアリアからではなく、どこかほかの場所でほかの誰かから伝えられるよりもよかったのではないか？一方スペンサーは、たとえ傷つこうともメリッサの真実を突き止めねばならない。そしてエミリーは、マヤのいとこのネイトに会って心を慰められる。
ジェンナの贅沢な誕生日パーティは出来過ぎた話に思える。4人は何かほかの目的があるのではないかと疑う。特に刑務所を出たギャレットが、同じ夜、病気療養中の母親を訪ねたことがわかった時、そのタイミングの良さがただの偶然とは考えにくいからだ。少女たちは、すべてが“A”に関係していると確信する。エミリーがパーティに携わる内部の視点で観察し、アリアはパーティの客としてゲストたちに目を配り、スペンサーは病院を張り込むが、何か悪いことが起こるのか？その答えは簡単だ。何もかも悪い方向に向かうのだ。一方で、失恋の痛みにもがくハンナは、衝撃的な発見へと導かれていく。
ギャレットから大きな手掛かりを得たハンナとスペンサーは、それぞれのミッションに取り掛かる。ハンナはこれを、“A”を捕まえるか、あるいは少なくとも誰がギャレットを助けて出獄させたのかがわかる完ぺきなチャンスになると考える。だが彼女の完ぺきな計画はすぐにほころび始め、ハンナは苛立ちと絶望感を覚える。スペンサーはその手掛かりの意味を探り出そうとし、ジェイソンの協力を求める。一方エミリーは、“あの夜”の別の出来事を思い出し、意外な容疑者へと導かれていく。そしてアリアは、突然金回りが良くなったエズラに疑問を抱き始める。
アリソンの殺人事件に新しい証拠が持ち上がり、ワイルデン刑事の訪問を受けたハンナは、“A”が自分を陥れようとしているのかもしれないと恐れる。被害妄想が広がり、アリアはハンナを助けてくれるつもりがあるかどうか、モナに会って聞く必要があると考える。だがアリアは、以前自分をいじめた人間に面と向かう準備ができているのか？さらに肝心なことは、少女たちが必死で探している答えを、モナがアリアに教えてくれるのだろうか？一方、アリソンとジェイソンの過去を知る人物がローズウッドに到着し、少女たちの好奇心を引き付ける。
エミリーはマヤを失った悲しみに苦しむだけでなく、“あの夜”誰かが自分に薬を飲ませたこと、そしてそれがペイジにどんな影響を与えているかを知って苦しんでいた。ペイジの機嫌を取り持ち、薬の容器のことを説明しようとしたエミリーは、“あの夜”自分がしたことをもっとよく思い出すことになる。さらに、エミリーを助けようとして、スペンサーはケイレブに、彼女たち全員が探す答えを握っているかもしれないウェブサイトに入り込む手伝いを依頼する。一方、アリアはエズラの母親に会い、エズラのことをほとんど知らない自分に気づく。そしてハンナはモナのために懇願する。
スペンサーとアリアは、スペンサーの大学生活の助けになることを期待して、ノエル・カーンとエリック・カーン兄弟のパーティに出席する。もともとは、シシーの友達にお願いして急にそのパーティに行くことになったのだが、その狙いは、アリアとスペンサーが、白熱するきわどいゲーム“真実か挑戦か”でジェンナからいくつかの答えを引き出すチャンスだと考えたからだった。だが、アリアとスペンサーは自分たちが探している答えを得るために、自分たちの“真実”を喜んで投げ出すことができるのだろうか？その頃ハンナは、ケイレブに関するメールを“A”から受け取っていた。
アリアは、スペンサーとエミリーが調べたジェイソンについての報告を聞き、難しい立場に立たされる。公園で起きた出来事とスペンサーへの否定できない気持ちに折り合いをつけようとしながら、アリアに対して思いやりと弱さをみせるジェイソンのことを、どうして友達は危険な人物だと言うのか、アリアは思い悩む。そんなアリアのジェイソンに対する煮え切らない態度に、スペンサーは思い切ったやり方が必要だと考える。一方ハンナは、将来義理の姉妹となるケイトにいいところを見せようとして親切に振舞うが、その行動が反対に悪い結果を引き起こしてしまう。その上"A"はエミリーを激しく非難し、彼女を追い詰めようとする。
エミリーとペイジの関係は今も難しい状況だが、エミリーは物事が正しい方向に向かっているように感じていた。だから、スペンサーがアリソンとペイジの過去を物語る忌まわしい物語を彼女に伝えたとき、エミリーは忠告を聞き入れる準備ができていなかった。スペンサーは今、ペイジの過去に起きた強烈な出来事を知ることになったのだが、この新しい情報によって、アリソンの失踪前にアリソンとペイジの間で血の復讐劇があったこともわかり、親友のひとりを宿敵の可能性がある人物のそばに置いておくことはできないと考える。一方アリアは、エズラとの関係を前進させるには、エズラが過去から前に踏み出す手助けをしなくてはならないと感じていたが、アリアは自分が予想していた以上のことを発見してしまう。
マヤの殺人に関するギャレットの裁判が始まり、ローズウッドの町にマスコミが押し寄せる。ペイジのことで友人との関係が悪化したエミリーは、メディアの過大な注目が自分に向けられても、どこに逃げたらいいのかわからない。“A”はそれを完ぺきなチャンスととらえ、その状況を利用し、4人に一時的な休戦を申し出る。だが“A”からの和解は本物なのか？それとももっと暗い最後を見据えた罠なのか？その間、アリア、エミリー、ハンナ、スペンサーは彼女たちにとても近い人間が“A”のチームだったことがわかり、裏切られた気持ちになる。
ネイトとの衝撃的な出来事も過去となった今、楽しいハロウィーンを過ごすことを、4人は楽しみにしている。だが、一度ローズウッドのゴーストトレインに乗車した彼女たちは、子供っぽいハロウィーンの風物詩以上のことに遭遇する。“A”に煽動されて殺気立った予期せぬパーティの一団が、いたる所に飛び出してくる今年のハロウィーンイベントは、強烈なパーティになりそうだ。さらに、音楽ゲストとして、アダム・ランバート（オーディション番組「アメリカン・アイドル（シーズン8）」で準優勝）が、ハロウィーン祭の最中に、「Trespassing」と「Cuckoo」を披露してくれる。
ラドリー病院はモナに健康証明書を発行し、少女たちの不安に反して、モナがローズウッド高校に戻ってくる。彼女たちをいじめていた人物が、今彼女たちの生活に戻ってきた。だが、アリア、エミリー、ハンナ、スペンサーは、この“新しい”モナを違う視点で見ていた。モナが彼女たちの人生を地獄に変えた張本人だ。彼女は本当に治ったのか？ほかにどんな秘密を彼女は隠し持っているのだろう？少女たちに自分が変わったのか、変わっていないのかを証明するのは、モナ自身にかかっている。
学校のマラソンでショックな出来事が起こったのち、アリア、エミリー、スペンサーは、モナが昔のように罠をたくらんでいると確信するようになる。まだ昔の友人に希望をもっているハンナは、半信半疑だ。いたる所に出没するように見えるモナには、計画があるようにも思えるが、モナが昔の邪悪なやり方に戻ったことを証明する証拠はない。少女たちは真実だと信じていることをどうやって証明できるのか？一方アリアは、自分の部屋に隠しておいた極めて重要なものがなくなったとき、父親の力が増していることに恐怖を覚える。
アリアが風邪で外れ、ハンナとエミリーは自分たちだけで新しい手掛かりを追いかけることにする。驚いたことに、父親がいない間、メレディスがアリアの世話を申し出てきた。だが、アリアを健康に戻すためのメレディスの看護には、隠された動機があるように見え、ハンナとエミリーはアリアを救うことに集中しようとする。メレディスは、アリアとの関係を修復し、彼女のいちばんのファンになろうとしているだけなのか？それとも、アリアの友人たちが心配するような理由があるのだろうか？一方スペンサーは、記念日のために探偵活動のすべてを休み、トビーを驚かせる。
誰にでも秘密はある。だが、4人の秘密は大き過ぎて、抱える秘密すべてが彼女たちを押しつぶそうとしているかのようだ。アリアはエズラに彼の息子のことを話すべきだとわかっているが、彼女との関係に起こることに直面する心の準備ができていない。ハンナは一方で、ケイレブが彼女に隠していることが何なのかを見つけ出す決心をする。スペンサーはすべての秘密に飽き飽きし、もうゲームはたくさんだと思っている。彼女たちの秘密が、彼女たちをいちかばちかの行動に走らせ、代わりに物事をもっと悪化させてしまうのか？一方エミリーは、アリソンが殺される前の夏に隠していたことを、もっと深く知ることになる。
アリソンの遺体が家族のもとに戻ってきた今、ディローレンティス家はアリソンをきちんと埋葬する準備に入る。そして4人は再び友人に別れを告げる機会を得るのだった。だが、アリソンの失踪以来続いてきたことを考えると、少女たちは追悼式に行くべきかどうかを悩む。アリア、ハンナ、エミリーは再び別れを告げる覚悟はできているが、3人は同様にジェイソンのことを支えたいと思っている。一方スペンサーは、もう葬儀にも何も関わりたくないと思っている。どうしてそんなにいい友達でもなかったアリソンに別れを言い続けなくてはいけないのか。その間、エミリーはネイトの死について気持ちの整理をしたくてサリバン先生のもとを訪れるが、期待以上の成果を得ることになる。
心の問題に関して、人はそれぞれ異なる反応を示す。今でも別れに押しつぶされそうなスペンサーは、心を沈み込ませたまま、自分の怒りと傷ついた気持ちをモナにぶつける始末。一方、ケイレブは父親と話しをしても、心を閉ざし痛みを隠してしまう。ハンナがケイレブの父親との関係を修復する計画を考え出すが、それは果たしてケイレブの古傷を癒やす手助けとなるのか、あるいはもっと苦しめる結果になってしまうのか。そしてアリアは、エズラを今も忘れられず、エズラの弟ウェズリーと過ごすことが多くなる。その間、エミリーとジェイソンは力を合わせ、ケープメイへのアリソンの旅行中に何が起こったのかを探り出そうとする。
最近の出来事に振り回されたことで、ワイルデン刑事についての新しい情報を手に入れたアリア、エミリー、ハンナは、ワイルデンの過去を探り出そうとする。シャナとシシーに目を向けた彼女たちの探偵業も板についてきたように見える。だが彼女たちを止めようとするワイルデン刑事の執拗な追跡が迫り、探り出す時間が足りない。一方、ローズウッドの住人たちの中にも、躍起になるワイルデンに対して、どこまで彼が秘密を守ろうとしているのかを知りたいと考える人間が現れてくる。その間、友人たちの言い訳にうんざりしていたスペンサーが、ついに頼れる人物を見つけ出す。
スペンサーは確信したことを話す決心をするが、エミリーは彼女が話したことを受け入れられずにいる。エミリーはスペンサーの忠告を聞き入れるのか。それとも自分で答えを見つけるために“A”が計画した道に向かっていくのか。一方ハンナは、アシュリーがひき逃げ事故に巻き込まれたあと、母親の手助けに没頭している。今、隠すべき新しい秘密をもったハンナは、“A”がそれにも何か関わっているのではないかと疑い始める。4人は“A”が彼女たちを思い通りにしようとしているのではないかと、不安になる。その間、アリアはマルコムと新しい生活を始めたエズラとの関係に、けじめをつけねばならなくなる。
アリア、エミリー、ハンナは、姿を消したスペンサーの居所を探り出そうとする。彼女たちには最近スペンサーが彼女らしくないことはわかっていたが、失踪するほどまでに思いつめていたのだろうか。もしくは“A”が彼女に何かしたのか。スペンサーの家族も行き先はわからないと言う。彼女たちは、最悪の結末にならないことを願いながら、その答えを求めて必死に捜索する。だが、姿を現したスペンサーは、まるで見つけてほしくなかったかのような態度だった。その間、エミリーはオリンピック金メダリストのメリッサ・フランクリン（ゲスト出演：本人）に出会い、人生最大の驚きを経験する。
“A”がゲームを続ける中、リスクはどんどん高まり、4人は難しい立場へと追い込まれていく。エズラの新しい家族の状況に絶え間なく悩まされるアリアは、エズラとの関係を真剣に考え始める。ジェイミーの暗い過去が再び付きまとい始め、ハンナはケイレブの家族の劇的な状況に巻き込まれる。エミリーはスペンサーを助けたい一心でスペンサーが間違っていることを証明しようとするが、見つけたことを受け止める心の準備ができていないかもしれない。最後に、彼女たちは厄介な状況から抜け出すことができるのか。それとも“A”の望みどおりになってしまうのか。その間、スペンサーはラドリー病院にいた頃のモナについて調査していた。
怒り心頭に発した彼女たちはゲームを終わらせようとする。スペンサーは家に戻り、体裁を取り繕っているが、たった1日前に彼女のもろさを目の当たりにしたアリア、ハンナ、エミリーは、この友人が完全に復帰したとは確信できずにいる。だが、衝撃的な新事実が明らかとなり、不幸にも、彼女たちにはスペンサーの健康を気遣う時間が取れない。あまりにも多くの出来事や新情報が押し寄せる中、彼女たちには自分を待ち受けるものに対する心の準備ができているのだろうか。