動乱の幕末で「最強」の伝説を残した男、｢緋村剣心｣｡かつては“人斬り抜刀斎”と恐れられたが､新時代を迎えて、神谷薫ら大切な仲間たちと穏やかな日々を送っていた｡
そんな時、剣心は新政府から、剣心の後継者として“影の人斬り役”を務めた志々雄真実を討つように頼まれる。新政府に裏切られ焼き殺されたはずが、奇跡的に甦った志々雄は、京都で戦闘集団を作り上げ、日本征服を狙っていた。
剣心は必死で止める薫に「今までありがとう」と別れを告げ、京都へ向かう。かつては剣の腕も頭脳も剣心と互角だったが、今や誰もが恐れる魂の凶悪さを持つ最恐の敵・志々雄とついに宿命の対面を果たす剣心。だが、志々雄は部下の瀬田宗次郎に相手を命じ、宗次郎の最速の技で、なんと剣心の逆刃刀が真っ二つに!
さらに剣心は、志々雄一派以外にも敵がいると知る。剣心に勝って己こそが最強だと証明しようとしている元御庭番衆の四乃森蒼紫だ。逆刃刀を失くした剣心は、不殺(ころさず)の誓いを破らずに、何人もの敵を倒すことができるのか?最大の危機に立つ剣心のもとへ、薫と仲間たちが駆けつける。だが、志々雄の企てた京都大火の炎の影に、もっと恐るべき陰謀が隠されていた!
