侍の国…この国がそう呼ばれたのも今は昔の話。江戸時代末期、宇宙からやってきた「天人（あまんと）」の台頭と廃刀令により、侍は衰退の一途をたどっていた。かつて攘夷志士として天人と最後まで戦い「白夜叉」と恐れられた坂田銀時も、今は腰の刀を木刀に持ち替え、かぶき町の便利屋＜万事屋（よろずや）銀ちゃん＞を呑気に営む日々。そんな彼の元に、かつての同志である桂小太郎が消息不明になり、高杉晋助が挙兵し幕府の転覆を企んでいるという知らせが入る。事件の調査に乗り出した万事屋メンバーの新八、神楽の身に危険が迫ったとき、銀時は再び剣をとる。進む道、戦う意味を違えたかつての同志と対峙し、己の魂と大切な仲間を護るために――。