レナードとシェルドンは、ともにIQの高い物理学者だが、ちょっとズレてるオタク青年だ。ある日、2人が同居するアパートに素直で明るい性格の美女ペニーが越してくる。すぐさま一目ぼれしたレナードは、ペニーに頼まれ、シェルドンとともに元カレの所にある彼女のテレビを取り戻しに行くが、マッチョな元カレからさんざんな目に遭う。

脚色： チャック・ロリー / ビル・プラディ
監督： ジェームズ・バロウズ

ペニーの気を引きたいレナードは彼女から合鍵を預かり、留守中に届く家具の受け取りを引き受ける。何とか苦労して家具を運び入れたものの、シェルドンは乱雑に散らかったペニーの部屋が気になってたまらず、勝手に片付け始める。だが、このシェルドンの潔癖さがかえってあだとなり、思わぬ騒動を引き起こしてしまう。

脚色： ロバート・コーエン / デビッド・ゲッチ
ストーリー： チャック・ロリー / ビル・プラディ
監督： マーク・チェンドロフスキー

レナードは他の男とデート中のペニーを見てショックを受ける。悩ましい気持ちを吹っ切ろうと同僚の女性をデートに誘うが気は晴れない。見かねたシェルドンに元気づけられたレナードは、ペニーを食事に誘う。だが、ペニーと食事中、最悪のアクシデントに見舞われ、これはデートかと問うペニーにレナードは違うと答えてしまう。

脚色： ビル・プラディ / スティーブン・モラロ
ストーリー： チャック・ロリー
監督： マーク・チェンドロフスキー

シェルドンは、学部パーティーでのある出来事から仕事をクビなる。レナードは謝罪して復職させてもらうよう助言するが、シェルドンは、むしろこれ幸いとばかりに仮説の証明を思い立つ。さっそく、シェルドンは発光する魚の開発などさまざまな実験を始め、部屋にこもって出てこない。心配したレナードはシェルドンの母メアリーを呼ぶ。

脚色： デビッド・リット / リー・アロンソーン
ストーリー： チャック・ロリー / ビル・プラディ
監督： マーク・チェンドロフスキー

レナードはペニーからレズリーとお似合いのカップルだと言われ、複雑な心境になる。そんななか、レズリーから口説かれたレナードは、ペニーのことが気になりながらも、レズリーの押しの強さに負け、レナードの部屋で2人きりになる。一方、シェルドンはレナードの部屋のノブにかかっているネクタイを見て、それが「邪魔するな」というサインだと了解する。

脚色： デビッド・ゲッチ / スティーブン・モラロ
ストーリー： ジェニファー・グリックマン
監督： アンドリュー・Ｄ・ウェイマン

レナードたちはペニーから招待を受けたハロウィーンパーティーに仮装して出向くが、仮装パーティーではないと分かり残念がる。そんな中、レナードはマッチョなペニーの元カレの姿を見つける。元カレとペニーが親しげに話す様子を見たレナードは、闘志を燃やして元カレに挑むものの、ひどい目に遭い、バツが悪くなって自宅へ帰る。

脚色： デビッド・リット、ロバート・コーエン
ストーリー： デビッド・ゲッチ
監督： マーク・チェンドロフスキー

ネブラスカからペニーの友達クリスティがやってきた。レナードたちがペニーを加えて対戦ゲームをしていたところ、ペニーがシェルドンをこてんぱんに負かしてしまう。そんな中、ハワードとクリスティがペニーの部屋でエッチを始めてしまい、ペニーは部屋へ戻れない。レナードは、嫌がるシェルドンを尻目に、ペニーを部屋に泊める。

脚色： リー・アロンソーン / ジェニファー・グリックマン
ストーリー： チャック・ロリー / ビル・プラディ
監督： マーク・チェンドロフスキー

ラージの両親は、息子のためにラージの幼なじみラリータとのお見合いデートをおぜん立てする。だが、デートの前に初めてお酒を口にしたラージは酔っ払ったままラリータに会い、暴言を吐いてしまう。そこへ、シェルドンが現れ、ラージよりシェルドンと意気投合したラリータは、ラージを置き去りにしてシェルドンと食事に出かけてしまう

脚色： リー・アロンソーン / ロバート・コーエン
ストーリー： デビッド・ゲッチ / スティーブン・モラロ
監督： テッド・ウォス

レナードとシェルドンは学会で論文を発表する依頼を受ける。レナードは乗り気だが、シェルドンは興味を示さず、2人は険悪な雰囲気になってしまう。そして仲たがいしたまま学会当日を迎えたレナードは無事、発表を終えるが、変装したシェルドンから質問の手が上がり、発表にケチをつけたことで、2人は取っ組み合いのケンカをする。

脚色： チャック・ロリー / リー・アロンソーン / デビッド・ゲッチ
ストーリー： ビル・プラディ / スティーブン・エンゲル
監督： ジョエル・マーレー

ペニーがミュージカルの試演舞台に立つことになった。しかし、彼女の歌声を聴いたレナードとシェルドンは、ひどく調子ハズレな様子に恐れをなし、レナードは、ついウソをついて舞台を見に来てほしいという誘いを断る。ウソの発覚を心配したシェルドンは、さらにウソの上塗りを重ねてしまい、実在しない従兄弟まで仕立てるはめになる。

脚色： ビル・プラディ / リー・アロンソーン
ストーリー： チャック・ロリー
監督： マーク・チェンドロフスキー

病気で発熱したシェルドンは、レナードに助けを求めたものの、レナードは大慌てで部屋から逃走。ハワードとラージに、シェルドンが病気になったことを告げる。そして、レナードたちは、病気がうつるのを恐れて、映画館へ身を隠すことに。その結果、成り行きからペニーがシェルドンを看病するはめになり、とんだ騒動が巻き起こる。

脚色： ビル・プラディ / スティーブン・エンゲル
ストーリー： チャック・ロリー / リー・アロンソーン
監督： マーク・チェンドロフスキー

大学に15歳の天才少年デニス・キムを迎えることになり、その若さと天才ぶりに圧倒され動揺したシェルドンは、自分の研究を断念すると言い出す。シェルドンは新たな研究テーマを探し、レナードたちに共同研究を持ちかけるが、シェルドンの申し出を迷惑に思うレナードたちは、その天才少年が道を踏み外すよう、ある計画を考える。

脚色：　デビッド・ゲッチ / スティーブン・モラロ
ストーリー：　ジェニファー・グリックマン / スティーブン・エンゲル
監督：　マーク・チェンドロフスキー

レナードたち４人が物理のクイズ大会に出ることになり練習をするが、シェルドンばかり答えるので、他の３人は面白くない。そこで、３人はシェルドンをメンバーから外すことにしたが、それを聞いたシェルドンは自分のチームを作って対抗すると言い出す。一方、レナードたちは、シェルドンの代わりにレズリーを加えて大会に出る。

脚色： ビル・プラディ / ロバート・コーエン
ストーリー： スティーブン・エンゲル / ジェニファー・グリックマン
監督： マーク・チェンドロフスキー

レナードはオークションで映画『タイムマシン』に登場したタイムマシンのミニチュアを購入する。ところが、ミニチュアだと思ったタイムマシンは実物大で、階段をふさいでしまう。そこへ仕事に出かけるというペニーが来るが、シェルドンは屋上から隣のビルに飛び移って、隣の階段から下に降りる事を提案。ボロボロになったペニーは、４人のオタクぶりに怒って、あきれて出て行ってしまい…。

脚色： スティーブン・エンゲル / スティーブン・モラロ
ストーリー： ビル・プラディ
監督： マーク・チェンドロフスキー

テキサスからシェルドンの双子の妹ミッシーがやってくる。レナードたちは兄のシェルドンとは似ても似つかない美人の妹に鼻の下をのばし、治験薬の効果で女性と話せるようになったラージとハワードがさっそくミッシーを口説き始めるが、レナードはそんな２人が気にくわない。そこで、レナードはライバルを蹴落とそうと画策する。

脚色： リー・アロンソーン / ビル・プラディ
ストーリー： チャック・ロリー
監督： マーク・チェンドロフスキー

レナードの誕生日が近いことを知ったペニーは誕生日パーティーを提案するが、幼いころから誕生日を祝ったことのないレナードは申し出を断ってしまう。そこで、ペニーはサプライズパーティーを企画。ところが、ペニーがシェルドンのプレゼント選びに付き合っている間に、レナードを外へ連れ出す役のハワードの身に大変なことが起きてしまう。

脚色： デビッド・ゲッチ / スティーブン・モラロ
ストーリー： ビル・プラディ / リー・アロンソーン
監督： マーク・チェンドロフスキー

レナードは、ボーイフレンドのマイクと大ゲンカをしたペニーをなぐさめ、「まともな相手とデートしたい」と言うペニーに勇気をふりしぼって自分を売り込み、デートの承諾を得る。だが、これまで築いてきた良い友達関係が恋愛へと発展することを不安に思うレナードとペニーは、それぞれが別々にシェルドンに相談し、あるアドバイスをもらう。

脚色： リー・アロンソーン/ スティーブン・モラロ
ストーリー： チャック・ロリー / ビル・プラディ
監督： マーク・チェンドロフスキー

レナードとペニーは初デートを終えたものの、２人の仲はすんなりとうまくいきそうにない。ペニーは頭脳明晰なレナードへの引け目からあるウソをついてしまい、ペニーはそのことをシェルドンに相談する。しかし、ペニーから秘密を打ち明けられたシェルドンは、レナードに黙っていることに耐え切れず、ある行動を起こす。

脚色： デビッド・ゲッチ / スティーブン・モラロ
ストーリー： ビル・プラディ

ペニーとレナードは恋人として付き合うことをやめ、ペニーにはさっそく、ハンサムな別の相手が現れる。そんな中、レナードとペニーが別れたことを知ったレズリーは、レナードにモーションをかけ、２人はデートをすることになる。だが、シェルドンは、レナードが自分の宿敵レズリーと付き合いだしたことが気に入らない。

脚色： ビル・プラディ / リー・アロンソーン
ストーリー： チャック・ロリー

シェルドンは、ひょんなことからペニーにオンラインゲームの指南をすることに。興味を持ったペニーはゲームソフトを購入し、夜中にシェルドンを起こして質問したり、勤務先の大学にまで電話をかけてくるほど、はまってしまう。レナードは、生活のペースを乱されたシェルドンを見かねてペニーを諭すが、ペニーは聞く耳を持たない。

脚色： スティーブン・モラロ / エリック・カプラン
ストーリー： チャック・ロリー

ラージが、ある功績から「ピープル・マガジン」に掲載されることになる。ラージは得意げだが、シェルドンは評価せず、レナードとハワードもラージがあまりに鼻もちならないので気分よく思わない。ペニーはそんな３人の態度を非難し、ラージと「ピープル・マガジン」のパーティーに出席することになったことから、ある騒動が起こる。

脚色： スティーブン・エンゲル / ティム・ドイル
ストーリー： ビル・プラディ / チャック・ロリー

他力本願で職場への通勤手段に他人の車をあてにしているシェルドン。レナードが徹夜で実験を始めたため、職場へ送ってもらえなくなってしまった。そこで、ペニーやハワード、ラージをあてにするが、あれこれと迷惑をかけてしまう。レナードたちはシェルドンに運転免許証を取らせようと考えるが、そのことで大騒動が巻き起こる。

脚色： リー・アロンソーン / デビッド・ゲッチ
ストーリー： ビル・プラディ / スティーブン・モラロ

大学で新入院生を迎える季節になった。レナードとシェルドンは各自の専門を学生たちに紹介したところ、シェルドンに感銘を受けた可愛らしい女子院生が現れ、周りのみんなを驚かせる。だが、最初は気をよくしていたシェルドンだったが、女子院生の付きまといがエスカレートし始め、常に見張られているようで自由を奪われてしまう。

脚色： ティム・ドイル / リチャード・ローゼンストック
ストーリー： スティーブン・エンゲル / デイリー・ハガー

リビングで食事をしようとしたところ、ペニーがシェルドンの食事に手を触れ、部屋から追い出されてしまう。レナードがペニーをなだめるが、逆にペニーはシェルドンに宣戦布告し、徹底抗戦の構えを見せる。そして、２人のケンカは日増しにエスカレートしていき、見かねたレナードは、ある手を使って事態を収拾しようとする。

脚色： ジェニファー・グリックマン / スティーブン・モラロ
ストーリー： ビル・プラディ / ティム・ドイル

ある日、ナンパに繰り出したハワードは「火星の探査機を運転させてあげる」という甘い言葉でステファニーを誘い出すが、肝心な探査機に問題が起き、レナードたちに助けを求める。そして、ハワードはレナードにステファニーを送らせるが、車中で２人はいい仲になってしまい、レナードとハワードの仲に亀裂が入る。

脚色： デビッド・ゲッチ / ジェニファー・グリックマン
ストーリー： ビル・プラディ

レナードの交際相手ステファニーのことを気に入ったシェルドンは、うれしさを隠しきれず、なんとか2人の交際を持続させようと、デートに付き添ったり、あれこれと世話をやく。そんななか、シェルドンが、レナードの男らしさをステファニーに見せつけようとした計画が大失敗し、レナードはステファニーに醜態をさらしてしまう。

脚色： スティーブン・エンゲル / リチャード・ローゼンストック
ストーリー： デビッド・ゲッチ / スティーブン・モラロ

レナードとステファニーの仲は急速に深まり半同棲状態になっていた。レナードの部屋もしだいにステファニー好みに染まり、レナードは息苦しさを隠せない。困ったレナードはペニーに相談してアドバイスをもらい、ステファニーと距離を置こうとするが、優柔不断ゆえに断固とした態度が取れず、結局うやむやになってしまう。

脚色： ビル・プラディ / リチャード・ローゼンストック
ストーリー： チャック・ロリー / スティーブン・モラロ

クリスマスを迎え、ペニーはシェルドンにとびっきりステキな贈り物をするが、シェルドンにとっては、お返しを考えるのが苦痛でたまらない。一方、レナードはイケメンで優秀な物理学者デビッドと組んで実験を進めることになるが、ひょんなきっかけからデビッドとペニーが意気投合しデートをするようになり、ショックを受ける。

脚色： スティーブン・エンゲル / エリック・カプラン
ストーリー： ビル・プラディ / リチャード・ローゼンストック

シェルドンたちが出場するロボット・ファイティング・リーグを間近にひかえたある日、ハワードの言動に堪忍袋の緒が切れたペニーがガツンときつい言葉をぶつけ、傷ついたハワードは部屋にこもって出てこなくなる。ロボット対決にはハワードの助けが必要なため、レナードはペニーへハワードに謝るように言うが、事態はさらにこじれてしまう。

脚色： スティーブン・モラロ / デイリー・ハガー
ストーリー： ビル・プラディ / リチャード・ローゼンストック

シェルドンは、ある目的を達成するために同僚のクリプキと友達になろうとするが、うまくいかない。そこで、友達の作り方を知ろうとレナードたちにアンケートをしてみたり、友達を作る方法が書かれた本を買いに行ったりして、あれこれと努力する。そして、妥協して共通の趣味を見つけたものの、情けない結果を迎えてしまう。

脚色： チャック・ロリー / スティーブン・モラロ
ストーリー： ビル・プラディ / リチャード・ローゼンストック

家賃を滞納しているペニーに、シェルドンはへそくりからお金を貸す。だが、レナードは、ペニーの金欠の原因が、マッチョな元カレのために、ある支払いを肩代わりしているせいだと知り、みんなを誘って元カレのところへお金を取り戻しに押しかける。しかし、現金を取り戻すことはできず、またもやひどい目に遭って帰ってくる。

脚色： リチャード・ローゼンストック / エリック・カプラン
ストーリー： チャック・ロリー / スティーブン・モラロ

レナードの母親ビバリーがやってくる。神経科学が専門で精神科医のビバリーは、我が強く、ストレートに思ったことを言うため、さっそくペニーを泣かせてしまう。レナードとハワード、ラージもまたビバリーの発言に傷つくが、なぜかシェルドンとは意気投合する。そんな中、傷ついたペニーとレナードはヤケ酒を飲み、２人の仲は急接近する。

脚色： リチャード・ローゼンストック/ スティーブン・モラロ
ストーリー： チャック・ロリー / ビル・プラディ

レナードたちがペイントゲームを楽しんでいたところ、ハワードはレズリーに誘惑され関係を持ってしまう。一方、ペニーはリビングでペイント銃を見つけ、誤ってシェルドンの定位置であるソファーのクッションに弾を撃ってしまう。その後も、レズリーと関係を続けていたハワードは、自分がセックスのおもちゃにされていることに気づく。

脚色： ビル・プラディ /リー・アロンソーン
ストーリー： チャック・ロリー

レナードたちはシンポジウムに出席するため、サンフランシスコへ行くことになる。だが、シェルドンが勝手に交通手段を飛行機ではなく列車に変更したせいで、レナードたちから大ブーイングを受ける。そんな中、「ターミネーター」のキャメロン役サマー・グローが列車に乗車してきて乗り合わせる。一方、シェルドンは大事な忘れ物を思い出す。

脚色： ティム・ドイル / スティーブン・エンゲル
ストーリー： ビル・プラディ / デビッド・ゲッチ

ペニーがヘアクリップを売る新ビジネスを始める。ペニーはレナードたちをも巻き込み、ビジネスを展開するが、ある時、千個の注文が入り、翌日発送とサイトに載せていたため、徹夜覚悟でヘアクリップを作る。途中、シェルドンがコーヒーを飲み、ハイになるというアクシデントもありつつ何とか仕上げたものの、さらなる試練が待っていた。

脚色： デビッド・ゲッチ / リチャード・ローゼンストック
ストーリー： ビル・プラディ / リー・アロンソーン

ペニーに加え、レナードたちの部屋の上にまた新たなセクシー美女アリシアが越してくる。シェルドンは騒音などで迷惑をこうむらないかと身構えるが、レナードたちは美女を前にデレデレと、かいがいしく引越しの荷物整理まで手伝う始末だ。そんな単純な男たちの姿を見て、内心面白くないペニーは、アリシアにライバル心を燃やす。

脚本： スティーブン・モラロ

ペニーはコミックストアへ行くというレナードたちについていく。すると、そこで出会ったコミックストアの店長スチュアートと意気投合し、2人はアーティストでもある彼の展示会へと出かけてしまう。一方、そんなペニーを見て面白くないレナードは、憂さ晴らしにハワードやラージとバーへ繰り出し、女の子をナンパしようと息巻く。

脚本： デビッド・ゲッチ

レナードたちは、レズリーに捨てられ傷心のハワードをなぐさめようとラスベガスへ行くことにする。シェルドンはアパートに１人居残ることにするが、外へ出かけたところ、鍵を部屋に置いたまま閉め出されたことに気づき、ペニーの部屋に転がり込む。一方、ラスベガスではハワードを元気づけるため、レナードがある美女を雇う。

脚色： スティーブン・モラロ
監督： ジェシカ・アンブロゼッティ / ニコール・ロリー / アンドリュー・ロス

ハワードの開発した無重力トイレが国際宇宙ステーションに設置されるが、重大な欠陥が見つかったため、レナードたちの協力を得て修理しようとする。一方、ペニーはコミックストアの店長スチュアートと2回目のデートをするが、それを知ったレナードは心穏やかではいられない。だが、2人のデート中に起きたあるハプニングを耳にして、喜ぶのだった。

脚色： ビル・プラディ / スティーブン・モラロ
監督： チャック・ロリー / リー・アロンソーン

シェルドンが夏の間、研究のため北極へ行くことになり、同行を求められたレナードたちも一緒に行くことにする。一方、北極行きの話をシェルドンから聞いたペニーは、レナードから直接、報告がなかったことが気に入らない。そんな中、出発前にペニーから、ある贈り物を渡され長いハグを受けたレナードは、ペニーの気持ちを確かめようとする。

脚本： エリック・カプラン / リチャード・ローゼンストック