凶悪な連続殺人犯ジョー・キャロル（ジェームズ・ピュアフォイ）が、死刑執行を前に刑務所を脱獄し、元FBI捜査官ライアン・ハーディ（ケヴィン・ベーコン）は、FBI長官から直々に彼の調査を依頼される。2003年、ヴァージニアの大学で文学を教えていたキャロルは14人の女子大生を残忍な手口で殺害し、当時FBI捜査官だったライアンに逮捕されている。ライアンは、キャロルのことを誰よりも知っている生き字引のような男であり、精神的にも知性においてもキャロルと互角に戦える唯一の人物だろう。だが、現在のライアン・ハーディは、事件を解決した頃のライアンではない。彼は、この連続殺人犯を逮捕した際、肉体的、精神的に深刻な傷を負っているし、現場を離れてからかなりの時が経っているからだ。キャロルの捜査を始めることで、ライアンは過去を取り返し新たな一歩を踏み出していく。

ライアン・ハーディとFBI捜査官のマイク・ウェストン、デブラ・パーカーが、キャロルと彼のフォロワーたちを調査するため招集される。三人はキャロルの特異な精神の変遷を探索するが、それには、クレア・マシューズの協力が不可欠になる。だが、クレアはキャロルの元妻であり、ライアンの元恋人でもあった。その頃、キャロルのフォロワーであるエマ、ジェイコブ、ポールは、ある計画のためにクレアの息子を誘拐しようとする。

リック・ケスターという男が、キャロルの命令になら何でも従う新しいフォロワーであることが発覚する。ライアンとFBIは、リックが今後どのような行動をとっていくかを推測しながら調査を続けるが、その結果 驚くべき事実が明らかになる。一方、ポールは、エマとジェイコブの仲に嫉妬心を抱き、三人の関係は揺らぎ始める。そんな中、ライアンとキャロルの関係がどのように始まったのかが暴かれる。

マギーが、ライアンを葬り去るという策略を企てる。一方、ポールは憤慨にまかせて女性を誘拐し、エマが口封じのために彼女を殺そうと提案する。だが、殺す役目を強いられたジェイコブは、それをためらう“ある理由”を隠していた。エマにも告白していないその理由をポールが暴露する時、三人の間には極度に張り詰めた空気が漂う。そんな中、ライアンとクレアの過去の関係が明らかになる。

クレアに、息子のジョーイから突然電話が掛かってくる。クレアは、ジョーイがいる家の特徴を聞き出すが、FBIとライアンは逆探知に失敗し混乱を招いてしまう。その頃、キャロルのもとに、かつて彼の弁護を担当した弁護士オリヴィアが訪ねてくる。オリヴィアを通じてマスコミにコメントを発表するキャロル。だが、そこにフォロワーへの恐ろしいメッセージが含まれていることをライアンは見抜いていた。

キャロルの本当の目的は一体何なのか…？ それが彼の新しいフォロワーとなったチャーリーという男を通じて暴かれる。一方、ライアンはついにジョーイを発見するが、エマたちに捕まってしまう。だが、そこでキャロルの計画を知ったライアンは、エマ、ジェイコブ、ポールの三人を仲違いさせようと言葉巧みに揺さぶりをかけ始める。そんな中、エマは思いがけない決断を下し、彼らの間に衝撃が走る。

キャロルは、弁護士オリヴィアの協力を得て、ライアンから暴力を受けたと訴訟を起こし、それを盾に他の刑務所への移送を要求する。だが、ライアンは、キャロルのそんなパフォーマンスの陰にはもっと大きな策略が隠されているのではないかと疑う。一方、ロデリックの指示で、ある倉庫にやって来たエマとジョーイ。エマはそこでロデリックに送られた男に会うが、彼に不信感を感じずにはいられなかった。

ジョーイは まだ行方不明で、脱走したキャロルの捜索も難航…。FBI内部で大いに危機感が高まる中、ライアンたちのもとにニック・ドノヴァンというやり手の捜査官が送られてくる。だが、ニックはライアンを“アドバイザーに過ぎない”と邪魔者扱いし、ライアンとパーカーはひどく落胆する。一方、キャロルは、一番弟子ともいえる昔からのフォロワーと久しぶりの再会を喜び、生命をも脅かす恐ろしい計画を立てていた。

入院中のウェストンが不在のFBI。ライアンとパーカーは、何とかして新しいボス、ドノヴァンを出し抜き二人で調査を続けようとする。そんな中、驚いたことにキャロルからライアンの携帯に連絡が入る。キャロルはライアンに、クレアの居場所を教えてくれ、クレアがFBIの拘束を解かれるためなら何でもすると言う。一方、キャロルの昔からのフォロワーが、衝撃的な復帰を遂げる。

キャロルは、クレアの居場所を突き止めるとすぐフォロワーを二人送り込み、彼女を捕まえようとする。だが今回は、ライアンのほうが一枚上手だった。ライアンはタッチの差でクレアを連れ去ることに成功する。昔FBIの同僚だったダイソンの家にかくまってもらったライアンとクレアは、数年ぶりに二人で話をする。一方、ジェイコブは、エマといる時もポールの幻覚に怯え苦しむ。

FBIが、キャロルのフォロワーとつながる秘密のＳＭクラブを突き止め捜査を開始する。その頃、ライアンとパーカーは、キャロルのフォロワーにクレアを奪われたショックから何とか立ち直ろうとしていた。一方、フォロワーの家での生活に少しずつ慣れてきたクレアは、キャロルに“また家族としてやり直したい”と真剣に言われて困惑する。そんな中、エマとジェイコブは、エマの裏切りのせいでまだぎくしゃくしていた。

ライアンとFBIは、キャロルの居場所を突き止める手掛かりとなるフォロワーを発見する。だが、現場に復帰したばかりのウェストン捜査官が右翼武装集団に捕まり、想像以上に精神的な衝撃を受ける。そんな中、クレアとエマはジョーイの誘拐事件以来、初めて顔を突き合わせる。その頃キャロルとライアンも二人で向き合っていた。そして、僕たち二人を突き動かしているのは“死”だ、と言い放つキャロルにライアンも同意するのだった。

ヘイブンポート警察は、保安官のロデリックがキャロルの事件に関わることに難色を示し、結局ロデリックは制服を剥奪される。腹を立てたロデリックは、ある衝撃的な決断のもと、ジョーイの身の安全を脅かす。ライアンは、FBIの意図に反して、ジョーイを解放するという条件でロデリックに制服を返すが、ライアンが連れていかれた場所には、多くのフォロワーが待ち受けていた。

ライアン、パーカー、ウェストンの三人は、キャロルが潜伏しているフォロワーの家に突入する準備を完了する。だがその頃、キャロルはすでに逃亡計画を実行に移し始めていた。一方、偽装したフォロワーたちが町の避難センターに迂回路を作り、住民を混乱に陥れる。そんな中、ジェイコブとエマはキャロルに利用されている自分たちの命の危険を感じ、一人のFBI捜査官は誘拐の危機にさらされる。

森のどこかに埋められた棺の中にいるパーカーから、ライアンに電話が掛かってくる。手を縛られ、空気も少ししか残っていないと言う。逆探知は阻まれ、パーカーの居場所を突き止める手掛かりは、彼女が移送中に数えていた700という数字しかない。一方、ある薄暗い家で、目を覚ましたクレアにキャロルが話しかける。“これは最終章だ。”そしてキャロルは、究極の善と悪が行われる所をクレアに見せるため、ライアン・ハーディの到着を待っている。激動のシーズン・フィナーレ。