亡き母・真咲の思い出を胸に、高校生・黒崎一護は父親・一心と幼い妹ふたりと暮らしていた。幽霊が見えること以外は普通の生活だったが、自らを“死神”と名乗る少女・朽木ルキアが目の前に現れたことで、平和だった世界は突然壊れてしまう。

「虚〈ホロウ〉」と呼ばれる悪霊が一護の家族を襲い、助けに入ったルキアは瀕死の状態に。絶望的な状況下、彼女は最後の手段として、本来は人間に譲ってはいけない死神の力を一護に分け与える。起死回生、死神となって悪霊・虚〈ホロウ〉を退治した一護だが、ルキアは死神の力をほとんど失ってしまう。彼女は自身の力が回復するまで、一護のクラスメイトになりすまし、死神代行としての務めを迫るが、一護は頑なに拒み続けていた…。

ある日、同級生であり、死神に怨みを持つ滅却師〈クインシー〉一族の生き残りの石田雨竜が一護に勝負を仕掛け、大量の虚が空座町に現れる非常事態が発生！嫌々ながらも、虚退治を行う中、“力の譲渡”という掟を破ったルキアを罰するため、死神・阿散井恋次と朽木白哉も目の前に現れる…。ルキアを助ける条件は、最悪の虚グランドフィッシャーの討伐。

謎の商店主・浦原の予感が的中したのか、クラスメイトの織姫やチャドにも危険が迫る中、一護はルキアとともに虚退治の覚悟を決めるのだった。母を虚に殺された過去を背負って。ついにグランドフィッシャーと対峙することになった一護だったが、ルキアを追ってきた恋次と白哉も目の前に立ちはだかり、絶体絶命の窮地に立たされてしまうーー。