両親を殺され復讐を誓う少女・凜(杉咲花)はある日、謎の老婆から“不死身の侍”の存在を耳にする。江戸中を探し回り、ようやく見つけたその男の名は万次(木村拓哉)。顔に大きな傷を持ち、異形の武器を携えた独眼のその男は、妹を失って半世紀、生きる糧を失いただただ生きていた。どこか妹の面影を残す凜の願いを受け、万次は敵討ちを手伝うことになる。
二人の狙いは逸刀流(いっとうりゅう)統主・天津影久(福士蒼汰)。幕府も手を焼くならず者が集う、最強の剣客集団の首領である。立ちはだかる刺客との激戦で不死身のはずの身体に異変を感じ始める万次。しかし凜と出会い、生きる目的を見出した彼は、全てを懸けて凜を守ると決意する。ようやく天津のもとへたどり着いた二人。しかしそこには彼らと同じく天津を追っていた300人の幕府軍の姿が。天津もろとも二人に襲い掛かる幕府軍。そして物語は意外な結末へ―

天津影久を筆頭とする最強剣客集団、逸刀流(いっとうりゅう)。強さのみを追い求め国内の流派統一を図る彼らは、江戸中の道場を潰し、名門道場を営む凜の父もその手にかける。しかし、その暴挙の裏には凜も関係する想像を絶する過去が隠されていた。そしてその逸刀流を狙う謎の集団“無骸流(むがいりゅう)”。利害の一致で万次・凜と行動を共にする彼らの真の目的とは？ そして背後で渦巻く幕府の陰謀とは？